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WO2019110620A1 - Method for detecting the presence of a biochemical element - Google Patents

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WO2019110620A1
WO2019110620A1 PCT/EP2018/083552 EP2018083552W WO2019110620A1 WO 2019110620 A1 WO2019110620 A1 WO 2019110620A1 EP 2018083552 W EP2018083552 W EP 2018083552W WO 2019110620 A1 WO2019110620 A1 WO 2019110620A1
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WO
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biochemical element
detecting
solution
biochemical
dilution
Prior art date
Application number
PCT/EP2018/083552
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Inventor
Luc Montagnier
Original Assignee
Fondation Luc Montagnier
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Publication date
Application filed by Fondation Luc Montagnier filed Critical Fondation Luc Montagnier
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    • G01N2800/2814Dementia; Cognitive disorders
    • G01N2800/2821Alzheimer

Definitions

  • the present invention relates to a method for detecting the presence of a biochemical element in a solution. It is particularly applicable to the detection of infectious agents in the blood of a patient. It allows the diagnosis of a certain disease, the discovery of elements responsible for a disease, and the improvement of the development of a therapy associated with a disease.
  • the search for the presence of biochemical elements of bacteria type, or of bacterial forms, of viruses, etc. is very useful in many situations, in particular for medical applications, to make a diagnosis as relevant as possible.
  • bacterial or viral research is for example often performed from a blood plasma from which DNA is extracted. Such research is complex because it is necessary to avoid any bacterial contamination of the blood samples, which would distort the results.
  • the present invention aims to overcome these drawbacks of traditional procedures of the state of the art and seeks a solution for detecting the presence of a biochemical element more sensitive, more precise, and therefore more reliable.
  • the invention also seeks a solution for detecting the presence of a biochemical element that is easy to implement and at a minimum cost.
  • the invention relates to a method for detecting a biochemical or chemical element in a solution, in particular an element present in a very small quantity, characterized in that it comprises the following steps:
  • the high dilution of the solution may comprise a diluted at a lower dilution than or equal to 10 4, or 10 -8, or 10 10 or 10 13, or even at a lower dilution than or equal to 10 15, and / or at a dilution rate of between 10 3 and 10 3 inclusive, or even between 10 1 and 10 2 inclusive.
  • the process is advantageously repeated, from the amplification step, with several samples of the solution corresponding to several different high dilutions.
  • the method may further comprise a high agitation sub-step of the highly diluted solution prior to the amplification step.
  • the high dilution step may comprise a dilution sub-step which comprises a series of successive dilutions of the solution, in water uncontaminated, with stirring for at least 10 seconds, or even at least 15 seconds, between all or part of the dilutions of the series of successive dilutions.
  • the amplification step can carry out a polymerase chain reaction PCR comprising at least 45 thermocycles, and / or using as polymerase that known by its trade name PerFecTa.
  • the high dilution step may include a substep of sterile water filtration.
  • the method for detecting a biochemical element may comprise one or more filtration steps of the solution, in particular by 450 nm and / or 100 nm filters, before the amplification step.
  • the biochemical element may be bacterial or viral in nature.
  • the solution can be a blood plasma.
  • the method of detecting a biochemical element may include a step of preparing the solution by adding an anticoagulant to a blood sample, and then separating the plasma by centrifuging the blood at a rate of about 3000 trs / sec. min for about five minutes at a controlled temperature of about 20 ° C.
  • the biochemical element may be Borrelia burgdorferi or Sutterella.
  • the invention also relates to a method of analyzing a patient, in particular suffering from Lyme disease or autism, characterized in that it comprises a step of analyzing a patient's plasma by setting of a method for detecting a biochemical element in this plasma as described above.
  • the invention also relates to a method of analyzing a disease, characterized in that it comprises the following steps:
  • the invention also relates to a definition of an antibiotic-based medication applied to Lyme disease, autism, rheumatoid arthritis, or Alzheimer's disease, after it is detected by a method as described previously.
  • the invention also relates to an antibiotic treatment applied to a disease analyzed by an analysis method as described above.
  • the invention also relates to a device for detecting a biochemical element for implementing the method for detecting at least one biochemical element as described above, characterized in that it comprises:
  • a diluter robot which implements the dilution of a solution and a stirring of a microtube comprising the diluted solution
  • thermocycler implementing amplification by PCR polymerase chain reaction.
  • FIG. 1 represents a logic diagram of the steps of the method for detecting the presence of a biochemical element in a solution according to one embodiment of the invention.
  • Figures 2a and 2b show respectively the results of the application of the method according to the embodiment of the invention obtained on a patient of 14 years and his mother, both affected by Lyme disease.
  • the method of detecting the presence of a biochemical element will now be described in the context of an exemplary search from a blood plasma. A particularity of this detection comes from the fact that this biochemical or chemical element sought is generally present in trace form, that is to say at a very low level in the solution obtained. It comes from an element present in the initial blood.
  • this element may be present in the blood at a rate of less than 1 ng / l, and even of the order of a few pg / l, that is to say less than or equal to 100 pg / l, or even less or equal to 50 ⁇ g / l, or even less than or equal to 10 ⁇ g / l.
  • This method comprises a first preliminary step E1 preparation of blood plasma.
  • a plasma sample is diluted in sterile water at a ratio of 1: 100.
  • This dilution step in the preparation has the function of obtaining a larger amount of plasma, which can be useful if many analyzes are planned. This sub-step therefore remains optional.
  • a second filtration sub-step E12 comprises the successive passage of the diluted plasma through 450 nm and 100 nm filters, for example using Millex filters marketed by Millipore.
  • This filtration can potentially eliminate all or almost all bacteria and much, if not all, of the plasma viruses. It remains the smallest bodies, including traces of DNA and RNA.
  • the detection method is based first of all on the detection of a trace of a biochemical element, particularly nucleic acid or nucleotides, which we will also call DNA trace. , from this biochemical element or corresponding to this chemical element, before it can be concluded a posteriori to the initial presence of the biochemical element in the plasma analyzed.
  • the method is adapted to an initial presence of an element in a very small quantity, and which is therefore in the form of a trace only in the solution coming from the blood plasma thus prepared.
  • the method is suitable for detecting said element that is present at a level of less than or equal to 100 ⁇ g / l, or even less than or equal to 50 ⁇ g / l, or even less than or equal to 10 ⁇ g / 1.
  • This preliminary preparation step E1 being finalized, the method according to the embodiment of the invention, which consists of a method of ultrasensitive detection of a biochemical element in a solution, by means of the detection of a trace of this element, such as a nucleotide, a nucleic acid or trace or DNA sequence of this element in the solution, will now be described.
  • a trace of this element such as a nucleotide, a nucleic acid or trace or DNA sequence of this element in the solution
  • the method first comprises a second dilution step E2. This step is carried out from sterile water.
  • the method then implements a first substep of filtration E21 of sterile water, with a filter at 220 nm, to remove any microbial bodies that would contaminate the water.
  • This sub-step is recommended but optional, it depends on the quality of the sterile water available.
  • this sub-step comprises a series of successive dilutions in the uncontaminated water of the solution to be analyzed, resulting from the preceding steps, that is to say the blood plasma in this embodiment.
  • several polypropylene microtubes of 1.5 ml can be filled with 0.9 ml of water each. Then, 0.1 ml of a plasma sample is added to the first microtube, then 0.1 ml of this first microtube is taken and transferred to the second microtube, and so on.
  • This allows to chain several decimal dilutions in series.
  • the filled microtube is vortexed at maximum speed for at least 10 seconds, preferably at least 15 seconds, before proceeding with further dilution. A number of at least 10 dilutions, or even at least 20, is thus achieved.
  • this number of dilutions is advantageously between 10 and 20 inclusive, or even beyond 20 dilutions.
  • the dilution ratio is less than or equal to 10 10, or between 10 10 and 10 20 inclusive, or even less than or equal to 10 20th.
  • this dilution depends on the biochemical element sought and the process can begin to give results for high dilutions of four decimal dilutions, ie a dilution rate of 10 4 .
  • this dilution rate corresponds to the total dilution ratio, that is to say taking into account any dilutions made before the implementation of this second step E2, for example during the preparation step E1 mentioned previously. .
  • This second step E2 thus makes it possible to obtain a very highly diluted solution, which we will call highly diluted plasma in this embodiment for the rest of the description.
  • the method according to the embodiment provides a strong stirring of the solution before the amplification step which will be described below.
  • This process according to the embodiment also advantageously provides a strong agitation of the solution during the realization of this substep dilution, by the succession of sub-steps of dilutions and agitations.
  • the stirring is more generally carried out between all or part of the successive dilutions.
  • stirring is vigorous agitation, vortexing at high speed, for example in a device at 50 Hz at a speed of 2700 rpm, for at least ten seconds, or even at least fifteen seconds.
  • the E2 dilution step may alternatively include other dilutions than decimal dilutions.
  • this dilution step E2 is carried out by a diluter robot, which comprises an arm for automatically carrying out the operations of opening a microtube, sampling a predefined dose with precision, closing the microtube, payment of a dose in a neighboring microtube, etc.
  • this dilutor robot also uses a microtube stirring function.
  • it may comprise a rotary support for microtube, allowing its agitation by rotating it.
  • another stirring means is possible.
  • the speed and / or the stirring time is adjustable.
  • the method then implements a third step E3 for amplifying traces of DNA in the highly diluted solution.
  • this third step uses a PCR polymerase chain reaction method.
  • samples of highly diluted plasma can be used to increase the reliability of the process. These samples may correspond to several distinct and / or identical dilution ratios.
  • a highly diluted plasma sample of 5 ml is poured into a 0.2 ml microtube, in which a polymerase adapted to the PCR method, such as that known, is added.
  • a polymerase adapted to the PCR method such as that known, is added.
  • PerFecTa ThoughMix of the company Quantabio and 0,2 mM of each selected primer, to obtain a total volume of 20 mI.
  • the PCR method can be implemented in a thermocycler, for example as known by its trade name Nexus GSX1 / GX2e marketed by the company Eppendorf, as follows: a first denaturation step is initiated at 95 ° C for 5 minutes, followed by 45 temperature cycles, each comprising a period of 30 seconds at 95 ° C, then 30 seconds at 61 ° C, then 40 seconds at 72 ° C, before a final incubation of 15 minutes at 72 ° C. The sample or samples thus treated are then cooled to a temperature of 4 ° C.
  • thermocyles This approach is conducted simultaneously or in parallel, from the same sample of the highly diluted solution or several separate samples, for each biochemical element sought.
  • the primers used during the PCR process will be adapted to the desired biochemical element.
  • the method uses a relatively generic primer, that is to say compatible with a multitude of DNA sequences.
  • the PCR method can also be carried out several times, with different primers, to search for a multitude of potential biochemical elements.
  • This third step E3 therefore uses at least partially a known method of reducing, in other words amplification, traces of DNA.
  • the PCR method is based on a heat-resistant polymerase, which makes it possible to copy sequences of DNA strands.
  • the recognition of this sequence very rapidly among a large number of sequences is a particular phenomenon that has sometimes been explained by Brownian motion, which is controversial.
  • the method is here successfully implemented in an original manner from a highly diluted plasma, which suggests the potential implementation of phenomena other than Brownian motion. It turns out that this particular implementation allows to obtain unexpectedly greater sensitivity. This effect is explained by a polymerase operation different from that traditionally accepted, not involving a simple copy of a sequence of a model but a transmission of information of a different nature.
  • the PCR method is not implemented on DNA extracted from the plasma, as traditionally in the state of the art, but directly on the highly diluted plasma.
  • the method may use different variants of PCR amplifications, or any equivalent or alternative amplification method.
  • this third step E3 the amplification makes it possible to reach a sufficient quantity of DNA sequences for their detection and analysis.
  • the method according to the embodiment then implements a fourth electrophoresis step E4.
  • 5 ⁇ l of each sample from the previous step is mixed with 1 ml of a buffer known by its trade name 6X, forming a marker, and subjected to electrophoresis on a 1.2% aragose gel, in the presence of a fluorescent dye of DNA, known by its English name of SybrSAFE sold by InVitrogen.
  • a scale of markers for example known by its name 100 bp ladder, marketed by InVitrogen, is used in parallel to estimate the size of the fragments.
  • This step allows the separation of the biochemical elements according to their molecular weight and the visualization of the DNA fragment present in the amplified highly diluted plasma (amplicon).
  • this fourth step E4 proves to be sufficient, that is to say it transmits sufficient information for the identification of a biochemical element during the analysis step.
  • E6 The method can implement a fifth step E5, in addition or replacement of the fourth step E4, sequencing amplicons produced by the PCR method of the third step.
  • the amplicons are purified with a purification kit, for example that called "QIAquick PCR purification kit" marketed by the company QIAGEN.
  • the purified amplicons are then sequenced directly by the Sanger method, using the primers of the PCR method.
  • the purified amplicons are cloned in a plasmid vector pCR2.1, for example using the cloning kit known by its trade name TOPO TA marketed by InVitrogen, which is used to transform competent bacteria that are cultured on LB agar medium selection boxes containing ampicillin. Colonies are isolated and cultured from a single bacterium in 4 ml LB culture broths also containing ampicillin and plasmid clones are purified and screened by EcoRI restriction endonuclease digestion to check for the presence of inserts. Positive plasmids are sequenced by the Sanger method using M13 direct and reverse universal primers.
  • the method then implements a sixth step E6 of result analysis.
  • This step may comprise the simple comparison of the result of the fourth step E4 with respect to controls. It may also, or alternatively, include an analysis of the sequences obtained by the fifth step E5, which can be done by searching a database, for example with the Blast tool. The nucleotide sequence of the purified or cloned amplicons is analyzed with this tool to compare the elements obtained by the method with stored data, and identify significant approximations that allow to conclude the identification of the sequences of the bacterial species involved.
  • the process described above thus ultimately makes it possible to detect any biochemical element, in particular of a bacterial or viral nature. It allows for example to detect the bacteria Borrelia burgdorferi, or the neighboring species, or the bacteria Sutterella.
  • the process will naturally be adapted to the desired biochemical element.
  • the amplification step E3 uses suitable primers.
  • the filtrations will be similarly adapted to the size of the desired element, so as to eliminate the maximum number of elements from the solution, while retaining traces of the microbial nucleic acid type, in order to be able to detect them thereafter.
  • the method described according to this embodiment can be implemented identically by replacing the filtering at 100 nm with a filtering at 20 nm (sub- filtration stage E12), to take into account the smallest dimension of the biochemical element.
  • an essential characteristic of the process consists in carrying out a high dilution of the test solution.
  • We call strong dilution any dilution of at least three or four times the decimal dilution, a dilution rate of less than or equal to 10 3 or 10 4 .
  • the dilution ratio may be less than or equal to 10 8 , or even 10 10 , or even 10 13 , even 10 15 , that is to say a dilution equivalent to a dilution greater than or equal to 8, even 10 or 13 or 15, decimal dilutions.
  • the dilution rate is between 10 3 and 10 3 inclusive, or even of between 10 10 and 10 20, inclusive.
  • the process is advantageously repeated with several samples of the highly diluted solution, characterized by several different dilution ratios. It can then be concluded in the sixth step E6 of result analysis that the biochemical element was indeed present in the initial solution, since at least one, or even or at least two or three, sample (s) allows ( try) its detection.
  • This approach thus makes it possible to obtain a positive result even when the biochemical element is present in a very small quantity in the solution.
  • FIG. 2a represents the results obtained for this patient, by applying the method according to the embodiment of the invention, from the highly diluted plasma.
  • the different columns numbered from 1 to 20 represent the various decimal dilutions applied to the plasma already diluted to one-hundredth in substep E1 1.
  • column 1 corresponds to a third dilution and a dilution ratio of 10 3 , and and so on.
  • Figure 2a shows that a 499 bp band is detected for column 3, then for columns 14-20.
  • FIG. 2b illustrates the results obtained by the fourth electrophoresis step for several dilution rates on the mother's plasma, during the implementation of the method according to the embodiment of the invention in a manner similar to the method of the invention.
  • Figure 2a Low band detection at 499 bp is obtained with a dilution ratio of 10 3 , followed by detection for many other dilution levels. Note, if the PCR method is conventionally applied for this patient, which is not shown, no detection is obtained as a result of the fourth electrophoresis step E4.
  • This example illustrates that the detection method of the invention surprisingly reaches a very high sensitivity using high dilution rates, which allows the detection of the presence of a biochemical element that was not possible before. This results in a new and more reliable diagnosis, as illustrated in this example with Lyme disease, to define a suitable medication, contrary to what was previously proposed.
  • This method of the invention makes it possible, for example, to highlight elements of a bacterial or viral nature in relation to different diseases, demonstrating that these diseases are of an infectious nature, whereas they were considered non-infectious. previously because of the impossibility of detecting the microorganisms at the origin of the infection.
  • the method is therefore also used as a method of diagnosing a disease.
  • the invention also relates to a method of analyzing a certain disease. This process comprises the following steps:
  • the invention makes it possible to identify the biochemical elements responsible for a certain disease that may be new or poorly understood to date.
  • biochemical elements responsible for a certain disease may be new or poorly understood to date.
  • the method for detecting biochemical elements according to the invention is also useful for defining a medication, particularly based on an antibiotic, in the case of diseases identified as a bacterial source.
  • the invention also relates to a device for detecting a biochemical element for carrying out the method for detecting at least one biochemical element as described above, in a manner that is at least partially automatic, which comprises:
  • a diluter robot which implements the dilution of a solution in a tube and a stirring of a tube comprising the diluted solution
  • thermocycler using amplification by polymerase chain reaction PCR.
  • This device may also comprise a device for analyzing results by electrophoresis and / or sequencing, in known manner.

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Abstract

Method for detecting a biochemical element in a solution, characterised in that it comprises the following steps: - high dilution (E2) of the solution, according to a dilution ratio of less than or equal to 10-3; - amplification (E3) of a certain trace of a biochemical element in the solution highly diluted by polymerase chain reaction (PCR); - detection of the presence of a biochemical element in the amplified solution by means of an electrophoresis step (E4) and/or by sequencing (E5) a fragment obtained, in particular by the Sanger method, and subsequently analysing (E6) the result.

Description

Procédé de détection de la présence d’un élément biochimique  Method for detecting the presence of a biochemical element
La présente invention porte sur un procédé de détection de la présence d’un élément biochimique dans une solution. Elle est particulièrement applicable à la détection d’agents infectieux dans le sang d’un patient. Elle permet un diagnostic d’une certaine maladie, la découverte d’éléments responsables d’une maladie, et l’amélioration de la mise au point d’une thérapie associée à une maladie. La recherche de la présence d’éléments biochimiques de type bactéries, ou de formes bactériennes, de virus, etc., est très utile dans de nombreuses situations, notamment pour des applications médicales, pour réaliser un diagnostic le plus pertinent possible. Dans ces applications médicales, la recherche bactérienne ou virale est par exemple souvent effectuée à partir d’un plasma sanguin dont on extrait de l’ADN. Une telle recherche est complexe car il faut éviter toute contamination bactérienne des prélèvements sanguins, qui fausserait les résultats. De plus, les procédés existants mettent en oeuvre des domaines de filtrations et autres étapes traditionnelles, qui s’avèrent insuffisantes dans certaines situations. Il en résulte que certaines bactéries ou certains virus, et plus généralement certains éléments biochimiques, notamment lorsqu’ils sont présents en faible quantité, restent très difficiles, voire impossibles à détecter, ce qui induit des erreurs de diagnostic et des traitements thérapeutiques inadaptés. The present invention relates to a method for detecting the presence of a biochemical element in a solution. It is particularly applicable to the detection of infectious agents in the blood of a patient. It allows the diagnosis of a certain disease, the discovery of elements responsible for a disease, and the improvement of the development of a therapy associated with a disease. The search for the presence of biochemical elements of bacteria type, or of bacterial forms, of viruses, etc., is very useful in many situations, in particular for medical applications, to make a diagnosis as relevant as possible. In these medical applications, bacterial or viral research is for example often performed from a blood plasma from which DNA is extracted. Such research is complex because it is necessary to avoid any bacterial contamination of the blood samples, which would distort the results. In addition, the existing methods implement filtering domains and other traditional steps, which prove to be insufficient in certain situations. As a result, certain bacteria or viruses, and more generally certain biochemical elements, especially when they are present in small quantities, remain very difficult or impossible to detect, which leads to misdiagnosis and inappropriate therapeutic treatments.
La présente invention vise à pallier ces inconvénients des procédures traditionnelles de l’état de la technique et cherche une solution de détection de la présence d’un élément biochimique plus sensible, plus précise, et donc plus fiable. En outre, l’invention cherche aussi une solution de détection de la présence d’un élément biochimique facile à mettre en oeuvre, et pour un coût minimum. A cet effet, l’invention porte sur un procédé de détection d’un élément biochimique ou chimique dans une solution, notamment un élément présent en très faible quantité, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : The present invention aims to overcome these drawbacks of traditional procedures of the state of the art and seeks a solution for detecting the presence of a biochemical element more sensitive, more precise, and therefore more reliable. In addition, the invention also seeks a solution for detecting the presence of a biochemical element that is easy to implement and at a minimum cost. For this purpose, the invention relates to a method for detecting a biochemical or chemical element in a solution, in particular an element present in a very small quantity, characterized in that it comprises the following steps:
- forte dilution de la solution, selon un taux de dilution inférieur ou égal à 103 ; - high dilution of the solution, according to a dilution ratio of less than or equal to 10 3 ;
- amplification d’une certaine trace d’un élément biochimique dans la solution fortement diluée par réaction en chaîne par polymérase PCR ;  amplification of a certain trace of a biochemical element in the highly diluted solution by PCR polymerase chain reaction;
- recherche de la présence d’un élément biochimique dans la solution amplifiée par une étape d’électrophorèse et/ou par séquençage d’un fragment obtenu, notamment par la méthode de Sanger, puis analyse du résultat.  - Search for the presence of a biochemical element in the amplified solution by an electrophoresis step and / or by sequencing a fragment obtained, in particular by the method of Sanger, and analysis of the result.
La forte dilution de la solution peut comprendre une dilution à un taux de dilution inférieur ou égal à 104, ou 10-8, ou 10 10, ou 10 13, voire à un taux de dilution inférieur ou égal à 10 15 et/ou à un taux de dilution compris entre 10 3 et 103° inclus, voire entre 10 1° et 10 2° inclus. The high dilution of the solution may comprise a diluted at a lower dilution than or equal to 10 4, or 10 -8, or 10 10 or 10 13, or even at a lower dilution than or equal to 10 15, and / or at a dilution rate of between 10 3 and 10 3 inclusive, or even between 10 1 and 10 2 inclusive.
Le procédé est avantageusement répété, à partir de l’étape d’amplification, avec plusieurs échantillons de la solution correspondant à plusieurs fortes dilutions différentes. The process is advantageously repeated, from the amplification step, with several samples of the solution corresponding to several different high dilutions.
Le procédé peut de plus comprendre une sous-étape de forte agitation de la solution fortement diluée avant l’étape d’amplification. L’étape de forte dilution peut comprendre une sous-étape de dilution qui comprend une série de dilutions successives de la solution, dans de l’eau non contaminée, avec une agitation pendant au moins 10 secondes, voire au moins 15 secondes, entre tout ou partie des dilutions de la série de dilutions successives. The method may further comprise a high agitation sub-step of the highly diluted solution prior to the amplification step. The high dilution step may comprise a dilution sub-step which comprises a series of successive dilutions of the solution, in water uncontaminated, with stirring for at least 10 seconds, or even at least 15 seconds, between all or part of the dilutions of the series of successive dilutions.
L’étape d’amplification peut mettre en oeuvre une réaction en chaîne par polymérase PCR comprenant au moins 45 thermocycles, et/ou utilisant comme polymérase celle connue par son nom commercial de PerFecTa. The amplification step can carry out a polymerase chain reaction PCR comprising at least 45 thermocycles, and / or using as polymerase that known by its trade name PerFecTa.
L’étape de forte dilution peut comprendre une sous-étape de filtration de l’eau stérile. The high dilution step may include a substep of sterile water filtration.
Le procédé de détection d’un élément biochimique peut comprendre une ou plusieurs étapes de filtration de la solution, notamment par des filtres de 450 nm et/ou 100 nm, avant l’étape d’amplification. The method for detecting a biochemical element may comprise one or more filtration steps of the solution, in particular by 450 nm and / or 100 nm filters, before the amplification step.
L’élément biochimique peut être de nature bactérienne ou virale. The biochemical element may be bacterial or viral in nature.
La solution peut être un plasma sanguin. The solution can be a blood plasma.
Le procédé de détection d’un élément biochimique peut comprendre une étape de préparation de la solution par ajout d’un anti-coagulant à un échantillon de sang, puis la séparation du plasma par centrifugation du sang à une vitesse d’environ 3000 trs/min pendant environ cinq minutes à une température régulée d’environ 20 °C. The method of detecting a biochemical element may include a step of preparing the solution by adding an anticoagulant to a blood sample, and then separating the plasma by centrifuging the blood at a rate of about 3000 trs / sec. min for about five minutes at a controlled temperature of about 20 ° C.
L’élément biochimique peut être la bactérie Borrelia burgdorferi ou la bactérie Sutterella. The biochemical element may be Borrelia burgdorferi or Sutterella.
L’invention porte aussi sur un procédé d’analyse d’un patient, notamment atteint de la maladie de Lyme ou d’autisme, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’analyse d’un plasma du patient par la mise en œuvre d’un procédé de détection d’un élément biochimique dans ce plasma tel que décrit précédemment. The invention also relates to a method of analyzing a patient, in particular suffering from Lyme disease or autism, characterized in that it comprises a step of analyzing a patient's plasma by setting of a method for detecting a biochemical element in this plasma as described above.
L’invention porte aussi sur un procédé d’analyse d’une maladie, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : The invention also relates to a method of analyzing a disease, characterized in that it comprises the following steps:
procédé de détection d’au moins un élément biochimique tel que décrit précédemment sur des fluides corporels de plusieurs personnes souffrant de la maladie à analyser;  method of detecting at least one biochemical element as previously described on body fluids of several persons suffering from the disease to be analyzed;
comparaison des résultats obtenus entre les différentes personnes, et détection du ou des élément(s) biochimique(s) commun(s) pour ces différentes personnes, pour conclure que la maladie est de type infectieuse causée par cet ou ces élément(s) biochimique(s) commun(s).  comparison of the results obtained between the different persons, and detection of the common biochemical element (s) for these different persons, to conclude that the disease is of infectious type caused by this or these biochemical element (s) (s) common.
L’invention porte aussi sur une définition d’une médication à base d’antibiotique appliquée à la maladie de Lyme, l’autisme, la polyarthrite rhumatoïde, ou la maladie d’Alzheimer, après sa mise en évidence par un procédé tel que décrit précédemment. The invention also relates to a definition of an antibiotic-based medication applied to Lyme disease, autism, rheumatoid arthritis, or Alzheimer's disease, after it is detected by a method as described previously.
L’invention porte aussi sur un traitement antibiotique appliqué à une maladie analysée par un procédé d’analyse tel que décrit ci-dessus. The invention also relates to an antibiotic treatment applied to a disease analyzed by an analysis method as described above.
Enfin, l’invention porte aussi sur un dispositif de détection d’un élément biochimique pour mettre en œuvre le procédé de détection d’au moins un élément biochimique tel que décrit précédemment, caractérisé en ce qu’il comprend : Finally, the invention also relates to a device for detecting a biochemical element for implementing the method for detecting at least one biochemical element as described above, characterized in that it comprises:
- un robot diluteur, qui met en œuvre la dilution d’une solution et une agitation d’un microtube comprenant la solution diluée ; et  a diluter robot, which implements the dilution of a solution and a stirring of a microtube comprising the diluted solution; and
- un thermocycleur mettant en œuvre une amplification par réaction en chaîne par polymérase PCR. Ces objets, caractéristiques et avantages de la présente invention seront exposés en détail dans la description suivante d’un mode d'exécution particulier fait à titre non-limitatif en relation avec les figures jointes parmi lesquelles : a thermocycler implementing amplification by PCR polymerase chain reaction. These objects, features and advantages of the present invention will be set forth in detail in the following description of a particular embodiment made in a non-limiting manner in relation to the appended figures among which:
La figure 1 représente un logigramme des étapes du procédé de détection de la présence d’un élément biochimique dans une solution selon un mode de réalisation de l’invention. Les figures 2a et 2b représentent respectivement les résultats de l’application du procédé selon le mode de réalisation de l’invention obtenus sur un patient de 14 ans et sa mère, tous deux atteints par la maladie de Lyme. Selon un mode de réalisation de l’invention, le procédé de détection de la présence d’un élément biochimique va maintenant être décrit dans le cadre d’une recherche à titre d’exemple à partir d’un plasma sanguin. Une particularité de cette détection provient du fait que cet élément biochimique ou chimique recherché est en général présent sous forme de trace, c’est-à-dire à un taux très faible dans la solution obtenue. Il provient en effet d’un élément présent dans le sang initial. Notamment, cet élément peut être présent dans le sang à un taux inférieur à 1 ng/l, et même de l’ordre de quelques pg/l, c’est-à-dire inférieur ou égal à 100 pg/l, voire inférieur ou égal à 50 pg/l, voire même inférieur ou égal à 10 pg/l. FIG. 1 represents a logic diagram of the steps of the method for detecting the presence of a biochemical element in a solution according to one embodiment of the invention. Figures 2a and 2b show respectively the results of the application of the method according to the embodiment of the invention obtained on a patient of 14 years and his mother, both affected by Lyme disease. According to one embodiment of the invention, the method of detecting the presence of a biochemical element will now be described in the context of an exemplary search from a blood plasma. A particularity of this detection comes from the fact that this biochemical or chemical element sought is generally present in trace form, that is to say at a very low level in the solution obtained. It comes from an element present in the initial blood. In particular, this element may be present in the blood at a rate of less than 1 ng / l, and even of the order of a few pg / l, that is to say less than or equal to 100 pg / l, or even less or equal to 50 μg / l, or even less than or equal to 10 μg / l.
Ce procédé comprend une première étape préalable de préparation E1 du plasma sanguin. This method comprises a first preliminary step E1 preparation of blood plasma.
Pour cela, il est possible de prélever entre 2 et 5 ml de sang d’un patient en présence d’un anti-coagulant tel que l'EDTA (Acide éthylène Diamine Tétra Acétique). Le sang est ensuite centrifugé à une vitesse de 3000 trs/min pendant cinq minutes, à une température régulée de 20 °C. Cette opération permet de séparer et de récupérer le plasma sanguin. Le plasma sanguin est stocké à une température de -20°C s’il n’est pas utilisé immédiatement. Il est stocké à une température de 4 °C s’il est utilisé immédiatement. For this, it is possible to take between 2 and 5 ml of blood of a patient in the presence of an anticoagulant such as EDTA (ethylene diamine tetra acetic acid). The blood is then centrifuged at a speed of 3000 rpm for five minutes at a controlled temperature of 20 ° C. This operation allows to separate and recover the blood plasma. Blood plasma is stored at -20 ° C if not used immediately. It is stored at a temperature of 4 ° C if used immediately.
Ensuite, selon une première sous-étape de dilution E11 de cette étape de préparation E1 , un échantillon de plasma est dilué dans de l’eau stérile selon un ratio de 1 :100. Cette étape de dilution au niveau de la préparation a pour fonction d’obtenir une quantité plus importante de plasma, ce qui peut être utile si de nombreuses analyses sont prévues. Cette sous-étape reste donc optionnelle. Then, according to a first dilution sub-step E11 of this preparation step E1, a plasma sample is diluted in sterile water at a ratio of 1: 100. This dilution step in the preparation has the function of obtaining a larger amount of plasma, which can be useful if many analyzes are planned. This sub-step therefore remains optional.
Une deuxième sous-étape de filtration E12 comprend le passage successif du plasma dilué à travers des filtres de 450 nm et 100 nm, par exemple à l’aide de filtres Millex commercialisés par la société Millipore. Cette filtration permet de supprimer potentiellement toute ou quasi-toute bactérie et une grande partie, voire la totalité, des virus du plasma. Il reste les corps les plus petits, notamment les traces d’ADN et d’ARN. Ainsi, comme cela va être détaillé par la suite, le procédé de détection repose d’abord sur la détection d’une trace d’un élément biochimique, particulièrement de l’acide nucléique ou des nucléotides, que nous appellerons aussi trace d’ADN, provenant de cet élément biochimique ou correspondant à cet élément chimique, avant de pouvoir conclure a posteriori à la présence initiale de l’élément biochimique dans le plasma analysé. Pour rappel, le procédé est adapté à une présence initiale d’un élément en très faible quantité, et qui est donc sous forme de trace uniquement dans la solution provenant du plasma sanguin ainsi préparé. Notamment, le procédé est adapté à une détection dudit élément même présent à un taux inférieur ou égal à 100 pg/l, voire inférieur ou égal à 50 pg/l, voire même inférieur ou égal à 10 pg/l. Cette étape préalable de préparation E1 étant finalisée, le procédé selon le mode de réalisation de l’invention, qui consiste en un procédé de détection ultrasensible d’un élément biochimique dans une solution, par l’intermédiaire de la détection d’une trace de cet élément, comme un nucléotide, un acide nucléique ou trace ou séquence d’ADN de cet élément dans la solution, va maintenant être décrit. A second filtration sub-step E12 comprises the successive passage of the diluted plasma through 450 nm and 100 nm filters, for example using Millex filters marketed by Millipore. This filtration can potentially eliminate all or almost all bacteria and much, if not all, of the plasma viruses. It remains the smallest bodies, including traces of DNA and RNA. Thus, as will be detailed later, the detection method is based first of all on the detection of a trace of a biochemical element, particularly nucleic acid or nucleotides, which we will also call DNA trace. , from this biochemical element or corresponding to this chemical element, before it can be concluded a posteriori to the initial presence of the biochemical element in the plasma analyzed. As a reminder, the method is adapted to an initial presence of an element in a very small quantity, and which is therefore in the form of a trace only in the solution coming from the blood plasma thus prepared. In particular, the method is suitable for detecting said element that is present at a level of less than or equal to 100 μg / l, or even less than or equal to 50 μg / l, or even less than or equal to 10 μg / 1. This preliminary preparation step E1 being finalized, the method according to the embodiment of the invention, which consists of a method of ultrasensitive detection of a biochemical element in a solution, by means of the detection of a trace of this element, such as a nucleotide, a nucleic acid or trace or DNA sequence of this element in the solution, will now be described.
En remarque, ces étapes sont réalisées dans une enceinte de sécurité biologique de classe II. L’opérateur porte des vêtements de protection, comme une blouse de laboratoire, des gants en nitrile et un masque. Note that these steps are performed in a class II biosafety cabinet. The operator wears protective clothing, such as a lab coat, nitrile gloves and a mask.
Le procédé comprend d’abord une deuxième étape de dilution E2. Cette étape est mise en oeuvre à partir d’eau stérile. The method first comprises a second dilution step E2. This step is carried out from sterile water.
Le procédé met alors en oeuvre une première sous-étape de filtration E21 de l’eau stérile, par un filtre à 220 nm, pour éliminer les éventuels corps microbiens qui contamineraient l’eau. Cette sous-étape est conseillée mais optionnelle, elle dépend de la qualité de l’eau stérile disponible.  The method then implements a first substep of filtration E21 of sterile water, with a filter at 220 nm, to remove any microbial bodies that would contaminate the water. This sub-step is recommended but optional, it depends on the quality of the sterile water available.
Enfin, le procédé met en oeuvre une deuxième sous-étape de dilution E22 en tant que telle. Selon le mode de réalisation, cette sous-étape comprend une série de dilutions successives dans l’eau non contaminée de la solution à analyser, résultant des étapes précédentes, c’est-à-dire le plasma sanguin dans ce mode de réalisation. Finally, the method implements a second substep of dilution E22 as such. According to the embodiment, this sub-step comprises a series of successive dilutions in the uncontaminated water of the solution to be analyzed, resulting from the preceding steps, that is to say the blood plasma in this embodiment.
Selon le mode de réalisation de l’invention, plusieurs microtubes en polypropylène de 1 ,5 ml peuvent être remplis de 0,9 ml d’eau chacun. Ensuite, 0,1 ml d’un échantillon de plasma est ajouté au premier microtube, puis 0,1 ml de ce premier microtube est prélevé et reporté dans le deuxième microtube, et ainsi de suite. Cela permet donc d’enchainer en série plusieurs dilutions décimales. Avantageusement, après chaque remplissage d’un microtube, soit après chaque dilution décimale, le microtube rempli est agité au vortex à la vitesse maximale pendant au moins 10 secondes, de préférence au moins 15 secondes, avant de poursuivre avec une nouvelle dilution. Un nombre d’au moins 10 dilutions, voire au moins 20, est ainsi réalisé. According to the embodiment of the invention, several polypropylene microtubes of 1.5 ml can be filled with 0.9 ml of water each. Then, 0.1 ml of a plasma sample is added to the first microtube, then 0.1 ml of this first microtube is taken and transferred to the second microtube, and so on. This allows to chain several decimal dilutions in series. Advantageously, after each filling of a microtube, or after each decimal dilution, the filled microtube is vortexed at maximum speed for at least 10 seconds, preferably at least 15 seconds, before proceeding with further dilution. A number of at least 10 dilutions, or even at least 20, is thus achieved.
Selon le mode de réalisation, ce nombre de dilutions est avantageusement compris entre 10 et 20 inclus, voire au-delà de 20 dilutions. Autrement dit, le taux de dilution est inférieur ou égal à 10 10, ou compris entre 10 10 et 1020 inclus, voire inférieur ou égal à 1020. According to the embodiment, this number of dilutions is advantageously between 10 and 20 inclusive, or even beyond 20 dilutions. In other words, the dilution ratio is less than or equal to 10 10, or between 10 10 and 10 20 inclusive, or even less than or equal to 10 20th.
Toutefois, cette dilution dépend de l’élément biochimique recherché et le procédé pourra commencer à donner des résultats pour des fortes dilutions de quatre dilutions décimales, soit un taux de dilutions de 104. En remarque, ce taux de dilution correspond au taux de dilution total, c’est-à-dire prenant en compte les éventuelles dilutions réalisées avant la mise en oeuvre de cette deuxième étape E2, par exemple durant l’étape de préparation E1 mentionnée précédemment. However, this dilution depends on the biochemical element sought and the process can begin to give results for high dilutions of four decimal dilutions, ie a dilution rate of 10 4 . As a remark, this dilution rate corresponds to the total dilution ratio, that is to say taking into account any dilutions made before the implementation of this second step E2, for example during the preparation step E1 mentioned previously. .
Cette deuxième étape E2 permet donc d’obtenir une solution très fortement diluée, que nous appellerons plasma fortement dilué dans ce mode de réalisation pour la suite de la description. This second step E2 thus makes it possible to obtain a very highly diluted solution, which we will call highly diluted plasma in this embodiment for the rest of the description.
En remarque, le procédé selon le mode de réalisation prévoit une forte agitation de la solution avant l’étape d’amplification qui va être décrite ci- après. Ce procédé selon le mode de réalisation prévoit aussi avantageusement une forte agitation de la solution au cours de la réalisation de cette sous-étape de dilution, par la succession de sous- étapes de dilutions et d’agitations. L’agitation est plus généralement mise en oeuvre entre tout ou partie des dilutions successives. De plus, l’agitation est une forte agitation, au vortex à grande vitesse, par exemple dans un dispositif à 50 Hz à une vitesse de 2700 trs/min, pendant au moins dix secondes, voire au moins quinze secondes. Note, the method according to the embodiment provides a strong stirring of the solution before the amplification step which will be described below. This process according to the embodiment also advantageously provides a strong agitation of the solution during the realization of this substep dilution, by the succession of sub-steps of dilutions and agitations. The stirring is more generally carried out between all or part of the successive dilutions. Furthermore, stirring is vigorous agitation, vortexing at high speed, for example in a device at 50 Hz at a speed of 2700 rpm, for at least ten seconds, or even at least fifteen seconds.
Naturellement, l’étape de dilution E2 peut en variante comprendre d’autres dilutions que des dilutions décimales. Of course, the E2 dilution step may alternatively include other dilutions than decimal dilutions.
Avantageusement, cette étape de dilution E2 est mise en oeuvre par un robot diluteur, qui comprend un bras permettant de réaliser automatiquement les opérations d’ouverture d’un microtube, de prélèvement d’une dose prédéfinie avec précision, fermeture du microtube, versement d’une dose dans un microtube voisin, etc. En complément, ce robot diluteur met de plus en oeuvre une fonction d’agitation de microtube. Pour cela, il peut comprendre un support rotatif pour microtube, permettant son agitation par sa mise en rotation. En variante, un autre moyen d’agitation est possible. Avantageusement, la vitesse et/ou la durée d’agitation est réglable. Advantageously, this dilution step E2 is carried out by a diluter robot, which comprises an arm for automatically carrying out the operations of opening a microtube, sampling a predefined dose with precision, closing the microtube, payment of a dose in a neighboring microtube, etc. In addition, this dilutor robot also uses a microtube stirring function. For this, it may comprise a rotary support for microtube, allowing its agitation by rotating it. Alternatively, another stirring means is possible. Advantageously, the speed and / or the stirring time is adjustable.
Le procédé met alors en oeuvre une troisième étape E3 d’amplification de traces d’ADN au sein de la solution fortement diluée. The method then implements a third step E3 for amplifying traces of DNA in the highly diluted solution.
Selon le mode de réalisation de l’invention, cette troisième étape utilise un procédé de réaction en chaîne par polymérase PCR. According to the embodiment of the invention, this third step uses a PCR polymerase chain reaction method.
Pour cela, plusieurs échantillons de plasma fortement dilué peuvent être utilisés, pour augmenter la fiabilité du procédé. Ces échantillons peuvent correspondre à plusieurs forts taux de dilution distincts et/ou identiques. For this, several samples of highly diluted plasma can be used to increase the reliability of the process. These samples may correspond to several distinct and / or identical dilution ratios.
A titre d’exemple, selon le mode de réalisation, un échantillon de plasma fortement dilué de 5 mI est versé dans un microtube de 0,2 ml, dans lequel on ajoute une polymérase adaptée au procédé PCR, comme celle connue par son nom commercial de PerFecTa ThoughMix de la société Quantabio, et 0,2 mM de chaque amorce choisie, pour obtenir un volume total de 20 mI. A titre d’exemple, dans le cas où la bactérie recherchée est la Borrelia burgdorferi, responsable par exemple de la maladie de Lyme, alors le procédé PCR peut être mis en oeuvre dans un thermocycleur, par exemple tel que connu par son nom commercial Nexus GSX1/GX2e commercialisé par la société Eppendorf, de la manière suivante : une première étape de dénaturation est engagée à 95 °C pendant 5 minutes, suivie par 45 cycles de températures, comprenant chacun une période de 30 secondes à 95° C, puis 30 secondes à 61 °C, puis 40 secondes à 72°C, avant une incubation finale de 15 minutes à 72 °C. Le ou les échantillons ainsi traités sont alors refroidis à une température de 4°C. By way of example, according to the embodiment, a highly diluted plasma sample of 5 ml is poured into a 0.2 ml microtube, in which a polymerase adapted to the PCR method, such as that known, is added. by its commercial name of PerFecTa ThoughMix of the company Quantabio, and 0,2 mM of each selected primer, to obtain a total volume of 20 mI. For example, in the case where the bacterium sought is Borrelia burgdorferi, for example responsible for Lyme disease, then the PCR method can be implemented in a thermocycler, for example as known by its trade name Nexus GSX1 / GX2e marketed by the company Eppendorf, as follows: a first denaturation step is initiated at 95 ° C for 5 minutes, followed by 45 temperature cycles, each comprising a period of 30 seconds at 95 ° C, then 30 seconds at 61 ° C, then 40 seconds at 72 ° C, before a final incubation of 15 minutes at 72 ° C. The sample or samples thus treated are then cooled to a temperature of 4 ° C.
Cette démarche est menée simultanément ou parallèlement, à partir du même échantillon de la solution fortement diluée ou de plusieurs échantillons distincts, pour chaque élément biochimique recherché. Naturellement, les amorces utilisées lors du procédé PCR seront adaptées à l’élément biochimique recherché. En remarque, dans le cas où le ou les éléments biochimiques ne sont pas connus, le procédé utilise une amorce relativement générique, c’est-à-dire compatible avec une multitude de séquences d’ADN. Le procédé PCR peut aussi être mis en oeuvre plusieurs fois, avec des amorces différentes, pour rechercher une multitude d’éléments biochimiques potentiels. D’autre part, il est avantageux dans tous les cas de mettre en oeuvre au moins 45 thermocyles. This approach is conducted simultaneously or in parallel, from the same sample of the highly diluted solution or several separate samples, for each biochemical element sought. Naturally, the primers used during the PCR process will be adapted to the desired biochemical element. Note, in the case where the biochemical element (s) are not known, the method uses a relatively generic primer, that is to say compatible with a multitude of DNA sequences. The PCR method can also be carried out several times, with different primers, to search for a multitude of potential biochemical elements. On the other hand, it is advantageous in all cases to use at least 45 thermocyles.
Cette troisième étape E3 utilise donc au moins partiellement une méthode connue de démultiplication, autrement dit d’amplification, de traces d’ADN. La méthode PCR est basée sur une polymérase thermorésistante, qui permet de recopier des séquences de brins d’ADN. La reconnaissance de cette séquence de manière très rapide parmi un grand nombre de séquences est un phénomène particulier qui a parfois été expliqué par le mouvement brownien, ce qui est controversé. Le procédé est ici mis en œuvre avec succès de manière originale à partir d’un plasma fortement dilué, ce qui suggère la mise en œuvre potentielle d’autres phénomènes que le mouvement brownien. Il s’avère que cette mise en œuvre particulière permet d’obtenir de manière inattendue une plus grande sensibilité. Cet effet s’explique par un fonctionnement de la polymérase différent de celui traditionnellement admis, n’impliquant pas une simple copie d’une séquence d’un modèle mais une transmission d’information de nature différente. En remarque, la méthode PCR n’est pas mise en œuvre sur de l’ADN extrait du plasma, comme traditionnellement dans l’état de la technique, mais directement sur le plasma fortement dilué. This third step E3 therefore uses at least partially a known method of reducing, in other words amplification, traces of DNA. The PCR method is based on a heat-resistant polymerase, which makes it possible to copy sequences of DNA strands. The recognition of this sequence very rapidly among a large number of sequences is a particular phenomenon that has sometimes been explained by Brownian motion, which is controversial. The method is here successfully implemented in an original manner from a highly diluted plasma, which suggests the potential implementation of phenomena other than Brownian motion. It turns out that this particular implementation allows to obtain unexpectedly greater sensitivity. This effect is explained by a polymerase operation different from that traditionally accepted, not involving a simple copy of a sequence of a model but a transmission of information of a different nature. As a remark, the PCR method is not implemented on DNA extracted from the plasma, as traditionally in the state of the art, but directly on the highly diluted plasma.
Naturellement, le procédé peut utiliser différentes variantes d’amplifications PCR, ou tout procédé d’amplification équivalent ou alternatif. Naturally, the method may use different variants of PCR amplifications, or any equivalent or alternative amplification method.
A la fin de cette troisième étape E3, l’amplification permet d’atteindre une quantité suffisante de séquences d’ADN pour leur détection et analyse. Nous appellerons simplement solution amplifiée la solution issue de cette troisième étape. At the end of this third step E3, the amplification makes it possible to reach a sufficient quantity of DNA sequences for their detection and analysis. We will call simply amplified solution the solution resulting from this third step.
Le procédé selon le mode de réalisation met alors en œuvre une quatrième étape E4 d’électrophorèse. Une quantité de 5 mI de chaque échantillon issu de l’étape précédente est mélangée avec 1 ml d’un tampon connu par son nom commercial 6X, formant un marqueur, et soumise à une électrophorèse sur gel d’aragose à 1 ,2%, en présence d’un colorant fluorescent de l’ADN, connu par son nom anglais de SybrSAFE commercialisé par la société InVitrogen. Une échelle de marqueurs, par exemple connue par sa dénomination 100 bp ladder, commercialisée par la société InVitrogen, est utilisée en parallèle pour estimer la taille des fragments. Cette étape permet la séparation des éléments biochimiques en fonction de leur poids moléculaire et la visualisation du fragment d’ADN présent dans le plasma fortement dilué amplifié (amplicon). Il peut notamment être vérifié que la hauteur de la bande correspond à celle d’un témoin positif. Dans certains cas, selon l’élément biochimique recherché, cette quatrième étape E4 s’avère suffisante, c’est-à-dire transmet une information suffisante pour l’identification d’un élément biochimique lors de l’étape d’analyse de résultat E6. Le procédé peut mettre en œuvre une cinquième étape E5, en complément ou remplacement de la quatrième étape E4, de séquençage des amplicons produits par le procédé PCR de la troisième étape. Pour cela, les amplicons sont purifiés avec un kit de purification, par exemple celui dénommé « QIAquick PCR purification kit » commercialisé par la société QIAGEN. Les amplicons purifiés sont ensuite séquencés directement par la méthode de Sanger, en utilisant les amorces du procédé PCR. The method according to the embodiment then implements a fourth electrophoresis step E4. 5 μl of each sample from the previous step is mixed with 1 ml of a buffer known by its trade name 6X, forming a marker, and subjected to electrophoresis on a 1.2% aragose gel, in the presence of a fluorescent dye of DNA, known by its English name of SybrSAFE sold by InVitrogen. A scale of markers, for example known by its name 100 bp ladder, marketed by InVitrogen, is used in parallel to estimate the size of the fragments. This step allows the separation of the biochemical elements according to their molecular weight and the visualization of the DNA fragment present in the amplified highly diluted plasma (amplicon). In particular, it can be verified that the height of the band corresponds to that of a positive control. In certain cases, depending on the biochemical element sought, this fourth step E4 proves to be sufficient, that is to say it transmits sufficient information for the identification of a biochemical element during the analysis step. E6. The method can implement a fifth step E5, in addition or replacement of the fourth step E4, sequencing amplicons produced by the PCR method of the third step. For this, the amplicons are purified with a purification kit, for example that called "QIAquick PCR purification kit" marketed by the company QIAGEN. The purified amplicons are then sequenced directly by the Sanger method, using the primers of the PCR method.
En variante, particulièrement s’il s’avère que le nombre d’amplicons est faible, les amplicons purifiés sont clonés dans un vecteur de plasmide pCR2.1 , par exemple en utilisant le kit de clonage connu par son nom commercial TOPO TA commercialisé par la société InVitrogen, qui est utilisé pour transformer des bactéries compétentes qui sont cultivées sur des boites de sélection de milieu gélosé LB contenant de l’ampicilline. Des colonies sont isolées et cultivées à partir d’une seule bactérie dans des bouillons de culture LB de 4 ml contenant également de l’ampicilline et des clones de plasmide sont purifiés et dépistés par digestion par l’endonucléase de restriction EcoRI pour vérifier la présence d’inserts. Les plasmides positifs sont séquencés par la méthode de Sanger en utilisant des amorces universelles directes et inverses M13. Alternatively, particularly if it turns out that the number of amplicons is small, the purified amplicons are cloned in a plasmid vector pCR2.1, for example using the cloning kit known by its trade name TOPO TA marketed by InVitrogen, which is used to transform competent bacteria that are cultured on LB agar medium selection boxes containing ampicillin. Colonies are isolated and cultured from a single bacterium in 4 ml LB culture broths also containing ampicillin and plasmid clones are purified and screened by EcoRI restriction endonuclease digestion to check for the presence of inserts. Positive plasmids are sequenced by the Sanger method using M13 direct and reverse universal primers.
Le procédé met ensuite en œuvre une sixième étape E6 d’analyse de résultat. Cette étape peut comprendre la simple comparaison du résultat de la quatrième étape E4 par rapport à des témoins. Elle peut aussi, ou en variante, comprendre une analyse des séquences obtenues par la cinquième étape E5, ce qui peut se faire par une recherche dans une banque de données, par exemple avec l’outil Blast. La séquence des nucléotides des amplicons purifiés ou clonés est analysée avec cet outil pour comparer les éléments obtenus par le procédé avec des données mémorisées, et identifier des rapprochements significatifs qui permettent de conclure à l’identification des séquences de l’espèce bactérienne impliquée. The method then implements a sixth step E6 of result analysis. This step may comprise the simple comparison of the result of the fourth step E4 with respect to controls. It may also, or alternatively, include an analysis of the sequences obtained by the fifth step E5, which can be done by searching a database, for example with the Blast tool. The nucleotide sequence of the purified or cloned amplicons is analyzed with this tool to compare the elements obtained by the method with stored data, and identify significant approximations that allow to conclude the identification of the sequences of the bacterial species involved.
Le procédé décrit précédemment permet donc finalement de détecter tout élément biochimique, notamment de nature bactérienne ou virale. Il permet par exemple de détecter la bactérie Borrelia burgdorferi, ou les espèces voisines, ou la bactérie Sutterella. En remarque, le procédé sera naturellement adapté à l’élément biochimique recherché. Notamment, comme explicité précédemment, l’étape d’amplification E3 utilise des amorces adaptées. De plus, les filtrations seront de même adaptées à la dimension de l’élément recherché, de sorte à éliminer de la solution le maximum d’éléments, tout en conservant des traces de type acide nucléique microbien, pour pouvoir les détecter par la suite. Ainsi, dans le cas d’une recherche d’un élément biochimique de type virus, le procédé décrit selon ce mode de réalisation pourra être mis en œuvre de manière identique en remplaçant le filtrage à 100 nm par un filtrage à 20 nm (sous- étape de filtration E12), pour tenir compte de la plus petite dimension de l’élément biochimique. The process described above thus ultimately makes it possible to detect any biochemical element, in particular of a bacterial or viral nature. It allows for example to detect the bacteria Borrelia burgdorferi, or the neighboring species, or the bacteria Sutterella. As a remark, the process will naturally be adapted to the desired biochemical element. In particular, as explained above, the amplification step E3 uses suitable primers. In addition, the filtrations will be similarly adapted to the size of the desired element, so as to eliminate the maximum number of elements from the solution, while retaining traces of the microbial nucleic acid type, in order to be able to detect them thereafter. Thus, in the case of a search for a biochemical element of the virus type, the method described according to this embodiment can be implemented identically by replacing the filtering at 100 nm with a filtering at 20 nm (sub- filtration stage E12), to take into account the smallest dimension of the biochemical element.
Le procédé a été décrit sur la base de plasma sanguin, mais peut être implémenté à partir de toute solution. The method has been described on the basis of blood plasma, but can be implemented from any solution.
En remarque, une caractéristique essentielle du procédé consiste à procéder à une forte dilution de la solution à tester. Nous appelons forte dilution toute dilution d’au moins trois ou quatre fois la dilution décimale, soit un taux de dilution inférieur ou égal à 10 3 ou 10 4. En variante, le taux de dilution pourra être inférieur ou égal à 10 8, voire à 10 10, voire à 10 13, voire à 10 15, c’est-à-dire une dilution équivalente à une dilution supérieure ou égale à 8, voire 10 ou 13 ou 15, dilutions décimales. De préférence, le taux de dilution est compris entre 103 et 103° inclus, voire entre 10 10 et 1020 inclus. Cette forte dilution apporte l’effet inattendu d’une plus forte sensibilité de la détection d’un élément biochimique qu’un même procédé mis en oeuvre sans forte dilution, comme mentionné précédemment. En remarque, cet effet est vérifié quel que soit l’élément biochimique concerné, et plus précisément quelle que soit la trace ADN de l’élément biochimique dans la solution. As a remark, an essential characteristic of the process consists in carrying out a high dilution of the test solution. We call strong dilution any dilution of at least three or four times the decimal dilution, a dilution rate of less than or equal to 10 3 or 10 4 . As a variant, the dilution ratio may be less than or equal to 10 8 , or even 10 10 , or even 10 13 , even 10 15 , that is to say a dilution equivalent to a dilution greater than or equal to 8, even 10 or 13 or 15, decimal dilutions. Preferably, the dilution rate is between 10 3 and 10 3 inclusive, or even of between 10 10 and 10 20, inclusive. This high dilution brings the unexpected effect of a higher sensitivity of the detection of a biochemical element than the same process implemented without high dilution, as mentioned above. Note that this effect is verified regardless of the biochemical element concerned, and more specifically regardless of the DNA trace of the biochemical element in the solution.
En remarque, le procédé est avantageusement répété avec plusieurs échantillons de la solution fortement diluée, caractérisés par plusieurs taux de dilution différents. Il peut alors être conclu lors de la sixième étape E6 d’analyse de résultat que l’élément biochimique était bien présent dans la solution initiale, dès lors que au moins un, voire ou au moins deux ou trois, échantillon(s) permet(tent) sa détection. Cette approche permet ainsi d’obtenir un résultat positif même lorsque l’élément biochimique est présent en très faible quantité dans la solution. Un exemple d’application du procédé décrit précédemment à un patient de 14 ans souffrant de la maladie chronique de Lyme, se manifestant par de la fatigue, des douleurs articulaires, ainsi qu’une inflammation intestinale, va maintenant être décrit, en référence avec la figure 2a. As a remark, the process is advantageously repeated with several samples of the highly diluted solution, characterized by several different dilution ratios. It can then be concluded in the sixth step E6 of result analysis that the biochemical element was indeed present in the initial solution, since at least one, or even or at least two or three, sample (s) allows ( try) its detection. This approach thus makes it possible to obtain a positive result even when the biochemical element is present in a very small quantity in the solution. An example of application of the method described above to a 14-year-old patient suffering from chronic Lyme disease, manifested by fatigue, joint pain, as well as intestinal inflammation, will now be described, with reference to the Figure 2a.
Si on applique de manière classique le procédé PCR pour ce patient, ce qui n’est pas représenté, on n’obtient aucune détection en résultat de la quatrième étape d’électrophorèse E4. Autrement dit, le procédé de l’état de la technique ne permet pas de détecter la présence de la bactérie Borrelia burgdorferi. If the PCR method is conventionally applied for this patient, which is not shown, no detection is obtained as a result of the fourth E4 electrophoresis step. In other words, the method of the state of the art does not detect the presence of the bacterium Borrelia burgdorferi.
La figure 2a représente les résultats obtenus pour ce patient, en appliquant le procédé selon le mode de réalisation de l’invention, à partir du plasma fortement dilué. Les différentes colonnes numérotées de 1 à 20 représentent les différentes dilutions décimales appliquées au plasma déjà dilué au centième dans la sous-étape E1 1. Ainsi, la colonne 1 correspond à une troisième dilution décimale et à un taux de dilution de 10 3, et ainsi de suite. La figure 2a montre qu’une bande à 499 bp est détectée pour la colonne 3, puis pour les colonnes 14 à 20. Le séquençage de Sanger de l’amplicon purifié (cinquième étape E5) et l’analyse par l’outil Blast (sixième étape E6) indiquent finalement la plus forte homologie de la séquence de type Borrelia ribosomale 16s attendue à +/- 1 bp en comparaison avec la séquence de référence de la séquence de Borrelia burgdorferi B31 fournie par ATCC, qui correspond bien à la maladie de Lyme. FIG. 2a represents the results obtained for this patient, by applying the method according to the embodiment of the invention, from the highly diluted plasma. The different columns numbered from 1 to 20 represent the various decimal dilutions applied to the plasma already diluted to one-hundredth in substep E1 1. Thus, column 1 corresponds to a third dilution and a dilution ratio of 10 3 , and and so on. Figure 2a shows that a 499 bp band is detected for column 3, then for columns 14-20. Sanger sequencing of the purified amplicon (fifth step E5) and Blast analysis ( sixth step E6) finally indicate the strongest homology of the sequence of Borrelia ribosomal 16s expected at +/- 1 bp in comparison with the reference sequence of the Borrelia burgdorferi B31 sequence provided by ATCC, which corresponds to the disease of Lyme.
Il ressort donc que le diagnostic de la maladie ne peut pas être établi ou confirmé avec les techniques traditionnelles, notamment avec le procédé PCR traditionnel, qui ne met pas en évidence la présence de la bactérie Borrelia burgdorferi. Au contraire, avec le procédé selon le mode de réalisation de l’invention, une infection par la bactérie Borrelia burgdorferi a pu être mise en évidence, ce qui a pu permettre de conclure qu’il s’agit de la maladie de Lyme. Le procédé selon le mode de réalisation de l’invention permet donc d’améliorer le diagnostic d’une maladie, puis naturellement la médication associée. It thus appears that the diagnosis of the disease can not be established or confirmed with traditional techniques, especially with the traditional PCR method, which does not demonstrate the presence of the bacterium Borrelia burgdorferi. On the contrary, with the method according to the embodiment of the invention, an infection with the bacterium Borrelia burgdorferi has been shown, which has led to the conclusion that it is Lyme disease. The method according to the embodiment of the invention thus makes it possible to improve the diagnosis of a disease, and then of course the associated medication.
En complément, il faut noter que la mère du patient développait aussi sensiblement les mêmes symptômes que son fils. La figure 2b illustre les résultats obtenus par la quatrième étape d’électrophorèse pour plusieurs taux de dilution sur le plasma de la mère, lors de la mise en oeuvre du procédé selon le mode de réalisation de l’invention de manière similaire au procédé de la figure 2a. On obtient une détection d’une faible bande à 499 bp avec un taux de dilution de 10 3, puis une détection pour de nombreux autres taux de dilution. En remarque, si on applique de manière classique le procédé PCR pour cette patiente, ce qui n’est pas représenté, on n’obtient aucune détection en résultat de la quatrième étape d’électrophorèse E4. In addition, it should be noted that the patient's mother also developed substantially the same symptoms as her son. FIG. 2b illustrates the results obtained by the fourth electrophoresis step for several dilution rates on the mother's plasma, during the implementation of the method according to the embodiment of the invention in a manner similar to the method of the invention. Figure 2a. Low band detection at 499 bp is obtained with a dilution ratio of 10 3 , followed by detection for many other dilution levels. Note, if the PCR method is conventionally applied for this patient, which is not shown, no detection is obtained as a result of the fourth electrophoresis step E4.
Cet exemple illustre que le procédé de détection de l’invention atteint contre toute attente une très forte sensibilité en utilisant des forts taux de dilution, ce qui permet la détection de la présence d’un élément biochimique qui n’était pas possible auparavant. Il en résulte donc un diagnostic nouveau et plus fiable, comme illustré dans cet exemple avec la maladie de Lyme, permettant de définir une médication adaptée, contrairement à ce qui était proposé précédemment. This example illustrates that the detection method of the invention surprisingly reaches a very high sensitivity using high dilution rates, which allows the detection of the presence of a biochemical element that was not possible before. This results in a new and more reliable diagnosis, as illustrated in this example with Lyme disease, to define a suitable medication, contrary to what was previously proposed.
Il résulte de l’invention de nombreuses applications, dont naturellement une méthode de compréhension de maladie et de recherche de maladie améliorée. Ce procédé de l’invention permet par exemple de mettre en évidence des éléments de nature bactérienne ou virale en relation avec différentes maladies, démontrant que ces maladies sont de nature infectieuse, alors qu’elles étaient considérées non infectieuses auparavant du fait de l’impossibilité de détecter les microorganismes à l’origine de l’infection. A titre d’exemples, on peut citer l’autisme, la polyarthrite rhumatoïde, et la maladie d’Alzheimer. Le procédé est donc aussi utilisé comme procédé de diagnostic d’une maladie. As a result of the invention, there are many applications, including of course a method for understanding disease and improving disease detection. This method of the invention makes it possible, for example, to highlight elements of a bacterial or viral nature in relation to different diseases, demonstrating that these diseases are of an infectious nature, whereas they were considered non-infectious. previously because of the impossibility of detecting the microorganisms at the origin of the infection. By way of examples, mention may be made of autism, rheumatoid arthritis and Alzheimer's disease. The method is therefore also used as a method of diagnosing a disease.
L’invention porte aussi sur un procédé d’analyse d’une certaine maladie. Ce procédé comprend les étapes suivantes : The invention also relates to a method of analyzing a certain disease. This process comprises the following steps:
- application du procédé de détection d’éléments biochimiques tel que décrit précédemment sur des fluides corporels de plusieurs personnes souffrant de la maladie à analyser. Ce procédé pourra être répété sur tous les prélèvements de sorte à chercher une multitude d’éléments biochimiques potentiels, notamment de nature microbienne ;  - Application of the method for detecting biochemical elements as described above on body fluids of several people suffering from the disease to be analyzed. This process may be repeated on all samples so as to search for a multitude of potential biochemical elements, in particular of microbial nature;
- comparaison des résultats obtenus pour chaque personne, et détection de la ou des éléments biochimiques communs pour ces différentes personnes, pour conclure que la maladie est de type infectieuse, causée par cet (ou ces) élément biochimique commun.  - comparison of the results obtained for each person, and detection of the common biochemical element (s) for these different people, to conclude that the disease is of infectious type, caused by this (or these) common biochemical element.
Ainsi, l’invention permet d’identifier les éléments biochimiques responsables d’une certaine maladie qui peut être nouvelle ou mal comprise à ce jour. A titre d’exemples, on met en évidence par le procédé selon le mode de réalisation de l’invention que les personnes souffrant d’autisme portent la bactérie Sutterella. Thus, the invention makes it possible to identify the biochemical elements responsible for a certain disease that may be new or poorly understood to date. By way of examples, it is demonstrated by the method according to the embodiment of the invention that people suffering from autism carry the bacteria Sutterella.
Cette amélioration du diagnostic et de la connaissance des maladies permet naturellement de définir une médication plus adaptée que ce n’est le cas actuellement. Ainsi, le procédé de détection d’éléments biochimiques selon l’invention est aussi utile pour définir une médication, particulièrement à base d’antibiotique, dans les cas de maladies identifiées comme de source bactérienne. This improvement of the diagnosis and the knowledge of the diseases naturally makes it possible to define a medication more adapted than it is currently the case. Thus, the method for detecting biochemical elements according to the invention is also useful for defining a medication, particularly based on an antibiotic, in the case of diseases identified as a bacterial source.
L’invention porte aussi sur un dispositif de détection d’un élément biochimique pour mettre en oeuvre le procédé de détection d’au moins un élément biochimique tel que décrit précédemment, de manière au moins partiellement automatique, qui comprend : The invention also relates to a device for detecting a biochemical element for carrying out the method for detecting at least one biochemical element as described above, in a manner that is at least partially automatic, which comprises:
- un robot diluteur, qui met en oeuvre la dilution d’une solution dans un tube et une agitation d’un tube comprenant la solution diluée ; et  a diluter robot, which implements the dilution of a solution in a tube and a stirring of a tube comprising the diluted solution; and
- un thermocycleur mettant en oeuvre une amplification par réaction en chaîne par polymérase PCR.  a thermocycler using amplification by polymerase chain reaction PCR.
Ce dispositif peut aussi comprendre un dispositif d’analyse de résultats par électrophorèse et/ou séquençage, de manière connue.  This device may also comprise a device for analyzing results by electrophoresis and / or sequencing, in known manner.

Claims

REVENDICATIONS
1 . Procédé de détection d’un élément biochimique dans une solution, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : 1. A method for detecting a biochemical element in a solution, characterized in that it comprises the following steps:
- forte dilution (E2) de la solution, selon un taux de dilution inférieur ou égal à 10 3 ; - High dilution (E2) of the solution, with a dilution ratio of less than or equal to 10 3 ;
- amplification (E3) d’une certaine trace d’un élément biochimique dans la solution fortement diluée par réaction en chaîne par polymérase PCR ;  - amplification (E3) of a certain trace of a biochemical element in the solution strongly diluted by polymerase chain reaction PCR;
- recherche de la présence d’un élément biochimique dans la solution amplifiée par une étape d’électrophorèse (E4) et/ou par séquençage (E5) d’un fragment obtenu, notamment par la méthode de Sanger, puis analyse (E6) du résultat.  - search for the presence of a biochemical element in the amplified solution by an electrophoresis step (E4) and / or by sequencing (E5) of a fragment obtained, in particular by the Sanger method, and analysis (E6) of the result.
2. Procédé de détection d’un élément biochimique selon la revendication précédente, caractérisé en ce que la forte dilution de la solution comprend une dilution à un taux de dilution inférieur ou égal à 10 4, ou 10 8, ou 10 1°, ou 10 13, voire à un taux de dilution inférieur ou égal à 1 0 15 et/ou à un taux de dilution compris entre 10 3 et 10 3° inclus, voire entre 10 1° et 10 2° inclus. 2. Method for detecting a biochemical element according to the preceding claim, characterized in that the high dilution of the solution comprises a dilution at a dilution ratio of less than or equal to 10 4 , or 10 8 , or 10 1 °, or 13 , or even at a dilution ratio of less than or equal to 1 0 15 and / or at a dilution ratio of between 10 3 and 10 3 inclusive, or even between 10 1 and 10 2 inclusive.
3. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que le procédé est répété, à partir de l’étape d’amplification (E3), avec plusieurs échantillons de la solution correspondant à plusieurs fortes dilutions différentes. 3. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the method is repeated, from the amplification step (E3), with several samples of the solution corresponding to several strong different dilutions.
4. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que le procédé comprend une sous-étape de forte agitation de la solution fortement diluée avant l’étape d’amplification (E3). 4. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the method comprises a substep of strong agitation of the highly diluted solution before the amplification step (E3).
5. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’étape de forte dilution (E2) comprend une sous-étape de dilution (E22) qui comprend une série de dilutions successives de la solution, dans de l’eau non contaminée, avec une agitation pendant au moins 10 secondes, voire au moins 15 secondes, entre tout ou partie des dilutions de la série de dilutions successives. 5. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the step of high dilution (E2) comprises a substep dilution (E22) which comprises a series of successive dilutions of the solution, in uncontaminated water, with stirring for at least 10 seconds, or even at least 15 seconds, between all or part of the dilutions of the series of successive dilutions.
6. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’étape d’amplification6. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the amplification step
(E3) met en oeuvre une réaction en chaîne par polymérase PCR comprenant au moins 45 thermocycles, et/ou utilisant comme polymérase celle connue par son nom commercial de PerFecTa. (E3) uses a polymerase chain reaction PCR comprising at least 45 thermocycles, and / or using as polymerase that known by its trade name PerFecTa.
7. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’étape de forte dilution (E2) comprend une sous-étape (E21 ) de filtration de l’eau stérile. 7. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the high dilution step (E2) comprises a substep (E21) of filtration of sterile water.
8. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce qu’il comprend une ou plusieurs étapes de filtration (E12) de la solution, notamment par des filtres de 450 nm et/ou 100 nm, avant l’étape d’amplification (E3). 8. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that it comprises one or more filtration steps (E12) of the solution, in particular by 450 nm and / or 100 nm filters. before the amplification step (E3).
9. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que l’élément biochimique est de nature bactérienne ou virale. 9. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the biochemical element is of bacterial or viral nature.
10. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que la solution est un plasma sanguin. 10. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the solution is a blood plasma.
1 1. Procédé de détection d’un élément biochimique selon la revendication précédente, caractérisé en ce qu’il comprend une étape de préparation (E1 ) de la solution par ajout d’un anti-coagulant à un échantillon de sang, puis la séparation du plasma par centrifugation du sang à une vitesse d’environ 3000 trs/min pendant environ cinq minutes à une température régulée d’environ 20 °C. 1. A method for detecting a biochemical element according to the preceding claim, characterized in that it comprises a step of preparation (E1) of the solution by adding an anticoagulant to a blood sample, and then the separation. plasma by centrifuging the blood at a rate of about 3000 rpm for about five minutes at a controlled temperature of about 20 ° C.
12. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications 9 à 1 1 , caractérisé en ce que l’élément biochimique est la bactérie Borrelia burgdorferi ou la bactérie Sutterella. 12. A method for detecting a biochemical element according to one of claims 9 to 11, characterized in that the biochemical element is the bacterium Borrelia burgdorferi or the bacteria Sutterella.
13. Procédé de détection d’un élément biochimique selon l’une des revendications précédentes, caractérisé en ce que la solution comprend ledit élément biochimique à un taux inférieur ou égal à 100 pg/l, voire inférieur ou égal à 50 pg/l, voire inférieur ou égal à 10 pg/l. 13. A method for detecting a biochemical element according to one of the preceding claims, characterized in that the solution comprises said biochemical element at a level less than or equal to 100 pg / l, or even less than or equal to 50 pg / l, even less than or equal to 10 pg / l.
14. Procédé d’analyse d’un patient, notamment atteint de la maladie de Lyme ou d’autisme, caractérisé en ce qu’il comprend une étape d’analyse d’un plasma du patient par la mise en oeuvre d’un procédé de détection d’un élément biochimique dans ce plasma selon l’une des revendications précédentes. 14. A method for analyzing a patient, in particular suffering from Lyme disease or autism, characterized in that it comprises a step of analyzing a patient's plasma by implementing a method for detecting a biochemical element in this plasma according to one of the preceding claims.
15. Procédé d’analyse d’une maladie, caractérisé en ce qu’il comprend les étapes suivantes : 15. A method of analyzing a disease, characterized in that it comprises the following steps:
- procédé de détection d’au moins un élément biochimique selon l’une des revendications 1 à 13 sur des fluides corporels de plusieurs personnes souffrant de la maladie à analyser;  - Method of detecting at least one biochemical element according to one of claims 1 to 13 on body fluids of several people suffering from the disease to be analyzed;
comparaison des résultats obtenus entre les différentes personnes, et détection du ou des élément(s) biochimique(s) commun(s) pour ces différentes personnes, pour conclure que la maladie est de type infectieuse causée par cet ou ces élément(s) biochimique(s) commun(s). comparison of the results obtained between the different persons, and detection of the common biochemical element (s) for these different persons, to conclude that the disease is of infectious type caused by this or these biochemical element (s) (s) common.
16. Définition d’une médication à base d’antibiotique appliquée à la maladie de Lyme, l’autisme, la polyarthrite rhumatoïde, ou la maladie d’Alzheimer, après sa mise en évidence par un procédé selon l’une des revendications 9 à 13. 16. Definition of an antibiotic-based medication applied to Lyme disease, autism, rheumatoid arthritis, or Alzheimer's disease, after it has been detected by a method according to one of claims 9 to 13.
17. Traitement antibiotique appliqué à une maladie analysée par un procédé d’analyse selon la revendication 15. 17. Antibiotic treatment applied to a disease analyzed by an analysis method according to claim 15.
18. Dispositif de détection d’un élément biochimique pour mettre en oeuvre le procédé de détection d’au moins un élément biochimique selon l’une des revendications 1 à 13, caractérisé en ce qu’il comprend : 18. A device for detecting a biochemical element for carrying out the method for detecting at least one biochemical element according to one of claims 1 to 13, characterized in that it comprises:
- un robot diluteur, qui met en oeuvre la dilution d’une solution et une agitation d’un microtube comprenant la solution diluée ; et  a diluter robot, which implements the dilution of a solution and a stirring of a microtube comprising the diluted solution; and
- un thermocycleur mettant en oeuvre une amplification par réaction en chaîne par polymérase PCR.  a thermocycler using amplification by polymerase chain reaction PCR.
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