+

WO1998045700A3 - Procede de sequençage de biopolymeres par spectrometrie de masse - Google Patents

Procede de sequençage de biopolymeres par spectrometrie de masse Download PDF

Info

Publication number
WO1998045700A3
WO1998045700A3 PCT/DE1998/001016 DE9801016W WO9845700A3 WO 1998045700 A3 WO1998045700 A3 WO 1998045700A3 DE 9801016 W DE9801016 W DE 9801016W WO 9845700 A3 WO9845700 A3 WO 9845700A3
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
biopolymers
mass
sequencing
fragments
separation
Prior art date
Application number
PCT/DE1998/001016
Other languages
German (de)
English (en)
Other versions
WO1998045700A2 (fr
Inventor
Joachim W Engels
Karlheinz Woerner
Konrad Faulstich
Hannelore Brill
Original Assignee
Joachim W Engels
Karlheinz Woerner
Konrad Faulstich
Hannelore Brill
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Joachim W Engels, Karlheinz Woerner, Konrad Faulstich, Hannelore Brill filed Critical Joachim W Engels
Publication of WO1998045700A2 publication Critical patent/WO1998045700A2/fr
Publication of WO1998045700A3 publication Critical patent/WO1998045700A3/fr

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C12Q1/6872—Methods for sequencing involving mass spectrometry
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6818—Sequencing of polypeptides
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • G01N33/6851—Methods of protein analysis involving laser desorption ionisation mass spectrometry

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

L'invention concerne un nouveau procédé de séquençage de biopolymères par spectrométrie de masse. Le séquençage des biopolymères, ou bien demande du temps, ou bien nécessite une détermination précise des fragments, ce qui est difficile, principalement pour de longs polymères. La vitesse de l'hydrolyse des liaisons phosphodiester, peptide ou glycoside avec les exo/endo-nucléases, -peptidases, -glycosidases ou autres substances agissant par hydrolyse est utilisée, dans le procédé selon l'invention, pour l'analyse des séquences des acides nucléiques ou d'autres biopolymères. La séparation et la détection des fragments produits s'effectuent au moyen de la spectrométrie de masse, par détermination de la masse et des différentes intensités des pics. Le principal avantage du procédé réside dans le fait qu'il n'est plus nécessaire d'effectuer une détermination exacte de la masse et qu'on peut utiliser des spectromètres de masse à faible résolution; en outre, l'analyse et la séparation des fragments sont extrêmement rapides, du fait qu'il n'y a pas d'électrophorèse et que la séquence des acides nucléiques modifiés peut être déterminée. Comme autres avantages, il convient de mentionner que des acides nucléiques non marqués peuvent être utilisés et qu'aucune radioactivité n'est requise. Le procédé peut être conduit en parallèle avec une analyse de séquence concomitante de plusieurs acides nucléiques, ce qui accroît la vitesse de séquençage. Le procédé peut être en outre utilisé pour la détection et la détermination d'organismes (empreinte digitale, empreinte du pied), les empreintes digitales et du pied étant plus précises que dans les procédés antérieurs: les deux fragments scindés sont détectés après hydrolyse d'une liaison phosphodiester, tandis que dans les procédés antérieurs, on ne pouvait détecter qu'un fragment marqué. Enfin, le procédé peut contribuer à l'interprétation de la structure secondaire des acides nucléiques par spectrométrie de masse. Ces principes peuvent également s'appliquer au séquençage ou à la détermination de la structure secondaire d'autres biopolymères, par exemple, des peptides et des oligosaccharides.
PCT/DE1998/001016 1997-04-09 1998-04-08 Procede de sequençage de biopolymeres par spectrometrie de masse WO1998045700A2 (fr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE19714558.2 1997-04-09
DE19714558A DE19714558A1 (de) 1997-04-09 1997-04-09 Ein neues Verfahren zur Sequenzierung von Biopolymeren mit Massenspektrometrie

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO1998045700A2 WO1998045700A2 (fr) 1998-10-15
WO1998045700A3 true WO1998045700A3 (fr) 1999-03-11

Family

ID=7825845

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/DE1998/001016 WO1998045700A2 (fr) 1997-04-09 1998-04-08 Procede de sequençage de biopolymeres par spectrometrie de masse

Country Status (2)

Country Link
DE (1) DE19714558A1 (fr)
WO (1) WO1998045700A2 (fr)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6994969B1 (en) 1999-04-30 2006-02-07 Methexis Genomics, N.V. Diagnostic sequencing by a combination of specific cleavage and mass spectrometry
AU5723700A (en) * 1999-05-25 2000-12-12 Praelux Incorporated Method for sequency and characterizing polymeric biomolecules using aptamers anda method for producing aptamers
AU2001269058A1 (en) * 2000-06-07 2001-12-17 Basf Aktiengesellschaft Method for the qualitative and quantitative analysis of complex mixtures of chemical compounds, using maldi-tof mass spectrometry
DE102008007112B3 (de) * 2008-01-31 2009-08-06 Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Verfahren zur Sequenzierung eines RNA-Moleküls mittels Massenspektrometrie
EP4139043A4 (fr) * 2020-04-20 2024-09-11 New York Institute of Technology Procédés de séquençage direct d'arn

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1990004596A1 (fr) * 1988-10-28 1990-05-03 3I Research Exploitation Limited Isolation d'oligosaccharides
WO1994021822A1 (fr) * 1993-03-19 1994-09-29 Sequenom, Inc. Sequençage de l'adn au moyen de la spectrometrie de masse par degradation a l'exonuclease
WO1996036986A1 (fr) * 1995-05-19 1996-11-21 Perseptive Biosystems, Inc. Procedes et appareil pour sequencer des polymeres avec une certitude statistique en utilisant un spectrometre de masse
WO1997033000A1 (fr) * 1996-03-04 1997-09-12 Genetrace Systems, Inc. Methodes de criblage des acides nucleiques par spectrometrie de masse
WO1998003684A1 (fr) * 1996-07-19 1998-01-29 Hybridon, Inc. Procede de sequençage d'acides nucleiques utilisant la spectrometrie de masse matricielle des temps de vol d'ionisation ou de desorption par laser
WO1998020166A2 (fr) * 1996-11-06 1998-05-14 Sequenom, Inc. Diagnostics de l'adn fondes sur la spectrometrie de masse

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1990004596A1 (fr) * 1988-10-28 1990-05-03 3I Research Exploitation Limited Isolation d'oligosaccharides
WO1994021822A1 (fr) * 1993-03-19 1994-09-29 Sequenom, Inc. Sequençage de l'adn au moyen de la spectrometrie de masse par degradation a l'exonuclease
WO1996036986A1 (fr) * 1995-05-19 1996-11-21 Perseptive Biosystems, Inc. Procedes et appareil pour sequencer des polymeres avec une certitude statistique en utilisant un spectrometre de masse
WO1997033000A1 (fr) * 1996-03-04 1997-09-12 Genetrace Systems, Inc. Methodes de criblage des acides nucleiques par spectrometrie de masse
WO1998003684A1 (fr) * 1996-07-19 1998-01-29 Hybridon, Inc. Procede de sequençage d'acides nucleiques utilisant la spectrometrie de masse matricielle des temps de vol d'ionisation ou de desorption par laser
WO1998020166A2 (fr) * 1996-11-06 1998-05-14 Sequenom, Inc. Diagnostics de l'adn fondes sur la spectrometrie de masse

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WOERNER K ET AL: "RECENT DEVELOPMENTS IN MASS SPECTROMETRY: RNA SEQUENCING", NUCLEOSIDES & NUCLEOTIDES, vol. 16, no. 5/06, 1997, pages 573 - 577, XP000198057 *

Also Published As

Publication number Publication date
DE19714558A1 (de) 1998-10-15
WO1998045700A2 (fr) 1998-10-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO1999029898A3 (fr) Procede d'identification d'acides nucleiques par spectrometrie de masse par ionisation/desorption laser assistee par matrice
AU4591697A (en) Methods of preparing nucleic acids for mass spectrometric analysis
DE69816286D1 (de) Verfahren zur Erkennung von Nukleinsäuremethylierungen durch AFLP
EP1260593A3 (fr) Détection d'acides nucléiques par formation d'un produit catalysé par une nucléase
EP1320754B8 (fr) Detection de peptides
CA2163426A1 (fr) Methode et appareil pour la desorption et l'ionisation de produits a analyser
KR19990014933A (ko) 생체고분자 래더의 제조 방법 및 분석 방법
WO1995027080A2 (fr) Sequençage d'adn par ligature et clivage par etapes
CA2143999A1 (fr) Dispositif et methode pour essai de bioaffinite et separation par electrophorese combines
WO1996018731A3 (fr) Isolement de l'acide nucleique
WO2003054549A3 (fr) Procede de spectrometrie de masse
GB9821393D0 (en) Protein profiling 2
WO2003094206A3 (fr) Support cible et procede pour des ions
WO1999055913A3 (fr) Cibles d'acide nucleique de moindre complexite et leurs methodes d'utilisation
WO1997041234A3 (fr) PROTEINES PARTICIPANT A LA SYNTHESE ET A L'ASSEMBLAGE D'UN ANTIGENE SOMATIQUE DANS $i(PSEUDOMONAS AERUGINOSA)
WO2001075151A3 (fr) Procede de detection de biopolymeres macromoleculaires au moyen d'un ensemble d'electrodes
NO20011607L (no) Fremgangsmåte for analysering av polynukleotider
WO1998045700A3 (fr) Procede de sequençage de biopolymeres par spectrometrie de masse
AU1025200A (en) Mass spectrometer including multiple mass analysis stages and method of operation, to give improved resolution
WO2003089586A3 (fr) Separation et detection d'acides nucleiques par electrophorese avec un marqueur intercalaire anti-migratoire d'affinite elevee
AU4943496A (en) Process and compounds for detection of analytes using remanence measurement, and use thereof
CA2139306A1 (fr) Procede de determination de la taille en nucleotides de fragments d'adn
WO2000040757A3 (fr) Procede d'identification d'acides nucleiques
AU1739500A (en) Genotyping by mass spectrometric analysis of short dna fragments
WO2001075150A3 (fr) Biodetecteur, ensemble de biodetecteurs, procede de production d'une electrode de biodetecteur et procede de production d'un biodetecteur

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): US

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AT BE CH CY DE DK ES FI FR GB GR IE IT LU MC NL PT SE

AK Designated states

Kind code of ref document: A3

Designated state(s): US

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A3

Designated state(s): AT BE CH CY DE DK ES FI FR GB GR IE IT LU MC NL PT SE

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
122 Ep: pct application non-entry in european phase
点击 这是indexloc提供的php浏览器服务，不要输入任何密码和下载