WO1997030178A2 - Diagnostic des maladies a repetition trinucleotidique et genes impliques dans ces maladies - Google Patents
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Definitions
- the present invention relates to the detection of human genes comprising repetitive triplet sequences CAG or CTG, as well as the use of these genes in the diagnosis and the possible treatment of certain hereditary neurological diseases.
- CAG or CTG repeat triplet sequences constitutes a mutation involved in at least 6 human inherited neurological diseases (called “repeat triplet diseases”), in particular spinobulbar muscle atrophy (SBMA), myotonic dystrophy (MD), cerebro-spinal ataxia (SCAS) 1 and 3, den-ato-rubro-pallydoluysiane atrophy (DRPLA) and Huntington's disease (HD) (1).
- SBMA spinobulbar muscle atrophy
- MD myotonic dystrophy
- SCAS cerebro-spinal ataxia
- DRPLA den-ato-rubro-pallydoluysiane atrophy
- HD Huntington's disease
- CAG / CTG also called dynamic mutation
- CAG / CTG repeats can occur in the non-coding (MD) or coding (eg SBMA and HD) regions of the transcripts. These transcripts are sometimes expressed in tissues other than the brain and when translated result in larger gene products carrying an abnormally elongated polyglutamine domain (2 to 4).
- the foregoing demonstrates the considerable importance of repeated triplet diseases and the importance of their diagnosis and treatment.
- the present invention is based on a systematic study of CAG / CTG repeats (which will be designated hereinafter by "[CAG] n", n being the number of repeats of the triplet), this study having been carried out with human cDNA libraries , these having undergone a first general screening, then the selected sequences having been selected on the basis of a certain number of criteria making it possible to ensure that the sequences in question belonged to new human genes and could, with great probability, to be implicated in diseases with repeated triplet. Finally, the selected sequences were the subject of a more complete study intended to allow their localization.
- two sets of cDNAs from human brains were studied to analyze the presence of CAG repeats using hybridization of oligonucleotides on high density membranes.
- the two libraries were obtained from mRNAs using the oligo-dT primer, one of the libraries being made up of fetal brain (FB) cDNA clones and the other library being made up of clones of Normalized newborn brain cDNA (NIB).
- FB fetal brain
- NBI Normalized newborn brain cDNA
- human ESTs in databases have been analyzed for the presence of repeated triplets in cDNAs from human tissues other than the brain.
- the present invention is based on the demonstration of certain sequences capable of being implicated in repeated triplet diseases obtained under hybridization conditions making it possible to select cDNAs which contain a number of sequences [CAG] greater than 9, which are more likely to be polymorphic in a normal population. 0
- the present invention relates to a transcribed DNA sequence rich in repeated triplet CAG or CTG corresponding to sequences A to I of the table, as well as their normal and mutated alleles and the complementary sequences.
- normal alleles is meant the alleles as they have been isolated or as they can be isolated from samples from normal individuals, the “mutated alleles” being the alleles of the genes carrying your sequences [CAG] n abnormally repeated.
- sequences in question are for the first time identified as being part of a gene which may present a dynamic mutation, said genes not having , moreover, in themselves never been described.
- sequences are identified in the table and can, if necessary, be re-isolated using the following primers: SEQ. ID 1 to 18, primers 1 to 1 8 corresponding, in pairs, to the sequences A to 1 mentioned above.
- sequences thus highlighted can, first of all, be used within the framework of the diagnosis, and more exactly of a prognosis. Indeed, like a large number of diseases having a genetic support, the demonstration of the presence of a sequence presenting an abnormal number of repetitions of triplet [CAGjn cannot in itself ensure the occurrence of the disease, but must be interpreted according to a set of other information to allow either a very early diagnosis or possibly specific surveillance, especially in families at risk.
- This diagnosis can be made by comparing the DNA sequence according to the patient's invention with a normal sequence to detect the presence of additional nucleotide repeats.
- the present invention relates to a method for demonstrating the risks of the appearance of a trinucleotide recurrent disease in a patient, characterized in that the DNA sequence according to claim 1 of said patient is compared to a normal sequence to detect the presence of additional trinucleotide repeats.
- a method for demonstrating the risks of the appearance of a trinucleotide recurrent disease in a patient characterized in that the DNA sequence according to claim 1 of said patient is compared to a normal sequence to detect the presence of additional trinucleotide repeats.
- the most effective methods consist in carrying out an amplification operation, before highlighting the differences, by any suitable method, in particular the so-called "PCR" method, even if other methods can be used.
- primers which can be used in the context of the methods according to the invention, mention should be made of the primers of SEQ . ID 1 to 1 S which constitute two by two of the pairs of primers for each of the sequences object of the invention.
- the sequences according to the present invention are amplified and it is then possible, by comparison with a normal and / or standard sample, to demonstrate the presence of the supernumerary triplets and therefore the possibility of occurrence of a disease linked to this type of dynamic mutation. It is also interesting to note that these dynamically mutated diseases are known to be all the more severe and to occur the sooner the greater the number of repetitions.
- the diagnostic method can allow not only a good prognosis for the onset of the disease, but also to assess the time when this disease will occur and / or its possible severity.
- the present invention also relates to genes and their alleles which carry, at least in part, these sequences, said genes being, of course, directly involved in the onset of the disease.
- the corresponding genes can be expressed in cells by known means in order to produce the corresponding proteins.
- these proteins being involved in the disease, it is desired to reduce their quantity, either by blocking their expression by appropriate methods at the level of genes or regulatory elements, or by fixing or inactivating them, for example using receptor proteins acting as decoys. Again, these receptor or inactivated proteins can be generated in situ by expression of the corresponding DNA sequences.
- proteins with abnormally large polyglutamic domains us av have abnormal aggregation properties, both with each other and with other proteins (7, 8)
- the aggregates thus created are probably involved in the genesis of triplet repeat diseases, this is why it is also possible to provide a therapy in which the therapeutic agents would prevent aggregation, either by blocking the molecule as described above, or by attaching to the molecule to prevent approximation with other proteins.
- sequences according to the present invention can be obtained thanks to the information appearing in the table and to the references which are given therein and by using the primer sequences which are described in the attached sequence identifiers.
- the two libraries used are: a first library (5) containing 60,000 non-standard cDNAs of human fetal brain (FB clones) (Laboratory of Dr. Hans Lehrach, Max Plank Institute for Molecular Genetics, Berlin, Germany) subclones in the vector p-SPORT- 1 (Life Technologies, Inc., Gaithesburg,
- the second library contains 40,128 normalized cDNAs for newborn brains (NIB clones) subcloned into a laf id (6) vector and which is part of the resources of the I MAGE consortium (Lawrence Livermore Lab ., Livermore, CA,) and the EST Merck WU program
- clone 2.1 16 which is located on chromosome 3pl4 and possibly involved in ADCA II, the other highly polymorphic sequences [CAGjn previously described do not correspond to any known locus for hereditary neurological diseases.
- This clone 2.1 16 was found to correspond to a transcript of 2227 base pairs highly expressed in skeletal muscles and weakly expressed in the brain according to the Northern Blot analysis. The repetition of the polymorphic CAG sequences is localized at the level of the 3 'untranslated region of the mRNA.
- the RNA corresponding to clone 2.1 16 codes for a putative protein of 137 amino acids (nt 127 to 538) having no homology with proteins known in Genbank.
- the complete sequence of the transcript of clone 2. 1 16 is represented by SEQ D 19.
- IS sequence homologies with the IS in Genbank: nu mero access ESTs in Genbank
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Abstract
La présente invention concerne une séquence d'ADN transcrit et riche en triplet répété CAG ou CTG correspondant aux séquences A à I selon le tableau ainsi que leurs allèles et les séquences complémentaires. Ces séquences sont utiles notamment dans le diagnostic des maladies à répétition trinucléotidique.
Description
DIAGNOSTIC DES MALADIES Λ REPETITION TRINUCLEOTIDIQUE ET GENES IMPLIQUES DANS CES MALADIES
La présente invention concerne la mise en évidence de gènes humains comportant des séquences à triplet répété CAG ou CTG, ainsi que l'utilisation de ces gènes dans le diagnostic et l'éventuel traitement de certaines maladies neurologiques héréditaires.
L'expansion de séquences à triplet répété CAG ou CTG hautement polymorphiques et instables constitue une mutation impliquée dans au moins 6 maladies neurologiques héréditaires humaines (appelées "maladies à triplet répété ") , notamment l'atrophie musculaire spinobulbaire (SBMA), la dystrophie myotonique (MD), l'ataxie cérébro¬ spinale (SCAS) 1 et 3, l'atrophie den-ato-rubro-pallydoluysiane (DRPLA) et la maladie d'Huntington (HD) ( 1 ).
L'expansion des CAG/CTG (appelée également mutation dynamique) dans chacune de ces maladies est associée à un phénomène d'anticipation, la taille des répétitions étant souvent corrélée de façon inverse avec l'âge de la survenue et/ou de la sévérité des symptômes.
L'expansion des répétitions CAG/CTG peut apparaître dans les régions non codantes (MD) ou codantes (par exemple SBMA et HD) des transcrits. Ces transcrits sont parfois exprimés dans les tissus autres que le cerveau et lorsqu'ils sont traduits conduisent à des produits de gènes plus grands portant un domaine polyglutamine anormalement allonge (2 à 4).
La mise en évidence d'expansion CAG/CTG dans l'ADN génomique de patients et/ou l'anticipation dans les familles à risque a suggéré que les mutations dynamiques sont impliquées dans SCA 2, SCA 4 et SCA 5, l'ataxie cérébrale dominante autosomale (ADCA de type 2) et la forme familiale du désordre affectif bipolaire ( BPAD) ou la schizophrénie. L'autisme et la démence familiale qui montrent des variabilités dans l'âge de la survenue ou dans la sévérité des symptômes pourraient également être causés par des mutations dynamiques.
Un assez grand nombre de maladies pourraient également avoir pour origine ou impliquer des mutations dynamiques :
- la maladie de Parkinson,
- les paraplégies spastiques, - les ataxies cérébrospinale non répertoriées précédemment,
- les cataractes zonulaires,
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- les tremblements incontrôlables,
- les neuropathies amyloïdes familiales,
- les arthrites granulomateuses familiales (maladie de Blau),
- les microsomies hémifaciales, - certaines anémies et glaucomes,
- les désordres obsessionnels.
Ce q ui précède démon tre l 'importance considérable des maladies à triplet répété et l'importance de leur diagnostic et de leur traitement. La présente invention repose sur une étude systématique des répétitions CAG/CTG (qui seront ci-après désignées par "[CAG]n", n étant le nombre de répétitions du triplet), cette étude ayant été réalisée avec des banques d'ADNc humains, celles-ci ayant subi un premier criblage général, puis les séquences retenues ayant été sélectionnées sur la base d'un certain nombre de critères permettant de s'assurer que les séquences en cause appartenaient à de nouveaux gènes humains et pouvaient, avec une grande probabilité, être impliquées dans des maladies à triplet répété. Enfin, les séquences sélectionnées ont fait l'objet d'une étude plus complète destinée à permettre leur localisation. Dans le cadre de la présente invention, deux ensembles d'ADNc provenant de cerveaux humains ont été étudiés pour analyser la présence de répétitions CAG en utilisant l'hybridation d 'oligonucleotides su r des membranes à haute densité. Les deux librairies ont été obtenues à partir de ARNms à l'aide d'amorce oligo-dT, l'une des librairies étant constituée de clones d 'ADNc de cerveau foetal (FB) et l'autre librairie étant constituée de clones d'ADNc normalisés de cerveau de nouveau-né (NIB).
De plus, les ESTs humains dans les banques de données ont été analysés pour détecter la présence de triplets répétés dans les ADNc de tissus humains autres que le cerveau. De façon générale, la présente invention repose sur la mise en évidence de certaines séquences susceptibles d'être impliquées dans les maladies à triplet répété obtenues dans des conditions d'hybridation permettant de sélectionner des ADNc qui contiennen t un nombre de séq uences [CAG] supérieur à 9, lesquelles sont plus susceptibles d'être polymorphes dans une population normale.
0
Les conditions complètes d'analyse et de sélection de ces différentes séquences ne seront pas détaillées ci-après, seuls seront fournis les éléments permettant de les localiser et de les rcisolcr grâce, notamment, aux amorces PCR qui seront décrites ci-après. Plus particulièrement, la présen te invention concerne une séquence d'ADN transcrit riche en triplet répété CAG ou CTG correspondant aux séquences A à I du tableau, ainsi que leurs alleles normaux et mutés et les séquences complémentaires.
Par "alleles normaux" on entend désigner les alleles tels qu 'ils ont été isolés ou tels qu'il peuvent être isolés de prélèvements d'individus normaux, les "alleles mutés" étant les alleles des gènes portant tes séquences [CAG]n anormalement répétées.
Il est important de noter que, bien que certaines de ces séquences soient, totalement ou en partie, publiques, les séquences en cause sont pour la première fois identifiées comme faisant partie d'un gène pouvant présenter une mutation dynamique, lesdits gènes n'ayant, par ailleurs, en eux-mêmes jamais été décrits.
Les séquences ainsi mises en évidence présentent, notamment pour sept d 'entre elles, un pourcentage d'hétérozygotie (pourcentage HTZ) suffisamment important pour être impliquées très directement dans des maladies à triplet répété. Les séquences E et 1 qui présentent un très faible taux d'hétérozygotie (HTZ : 0,05) sont moins susceptibles d'être impliquées dans de telles maladies.
Bien entendu, comme cela est mentionné précédemment, ces séquences sont identifiées dans le tableau et pourront, si besoin est, être réisolées en utilisant les amorces suivantes : SEQ. ID 1 à 18, les amorces 1 à 1 8 correspondant, par paire, aux séquences A à 1 mentionnées précédemment.
Les séquences ainsi mises en évidence peuvent, tout d'abord, être utilisées dans le cadre du diagnostic, et plus exactement d'un pronostic. En effet, comme un grand nombre de maladies ayant un support génétique, la mise en évidence de la présence d'une séquence présentant un nombre de répétitions anormal de triplet [CAGjn ne peut en elle-même assurer de la survenue de la maladie, mais doit être interprétée en fonction d'un ensemble d'autres informations pour permettre, soit un diagnostic très précoce, soit éventuellement une surveillance spécifique, surtout dans les familles à risque.
Ce diagnostic peut être effectué en comparan t la séquence d'ADN selon l'invention du patient avec une séquence normale pour détecter la présence de répétitions tπnucléotidiqucs supplémentaires.
Plus partic ulièrement, la présente invention concerne un procédé de mise en évidence des risques d 'apparition d'une maladie a répétition trinucléotidique chez un patient, caractérisé en ce qu 'on compare la séquence d'ADN selon la revendication 1 dudit patient à une séquence normale pour détecter la présence de répétitions trinucléotidiq ues supplémentaires. Bien en tendu, il existe un grand nombre de méthodes qui permettent la mise en évidence de triplets surnuméraires par rapport à des séquences normales, par exemple il est possible de mettre en évidence des différences de poids moléculaires en utilisant des gels et une méthode de type RFLP. Mais, les méthodes les plus efficaces consistent à pratiquer préalablement à la mise en évidence des différences une opération d'amplification, par toute méthode appropriée, notamment la méthode dite "PCR", même si d'autres méthodes sont utilisables.
Il n'est pas nécessaire ici de décrire en détail la méthode PCR, celle-ci permet d'amplifier de façon considérable une séquence spécifique comprise entre deux séquences appelées "amorces".
Parmi les amorces utilisables dans le cadre des procédés selon l'invention, il faut citer les amorces des SEQ. ID 1 à 1 S qui consti tuent deux par deux des paires d'amorces pour chacune des séquences objet de l'inven tion. En utilisant les amorces décrites précédemment, on amplifie les séquences selon la présente invention et i l est alors possible, par comparaison avec un échantillon normal et/ou étalon, de mettre en évidence la présence des triplets surnuméraires et donc la possibilité de survenue d'une maladie liée à ce type de mutation dynamique. II est également intéressant de noter que ces maladies à mutation dynamique sont connues pour être d'autant plus sévères et survenir d'autant plus tôt qu'est important le nombre de répétitions. Dans ces conditions, la méthode diagnostic peut permettre, non seulement un bon pronostic de la survenue de la maladie, mais également d'évaluer le moment où cette maladie surviendra et/ou son éventuelle sévérité.
La présente invention concerne également les gènes et leurs alleles qui portent, au moins en parties, ces séquences, lesdits gènes étant, bien entendu, impliqués directement dans la survenue de la maladie
Les gènes correspondant pourront être exprimés dans des cellules par des moyens connus afin de produire les protéines correspondantes.
Il est possible d'envisager l'utilisation desdues protéines dans certains kits de diagnostic par exemple.
De façon générale, ces protéines étant impliq uées dans la maladie, on souhaitera en diminuer la quantité, soit en bloquant leur expression par des méthodes appropriées au niveau des gènes ou des éléments de régulation, soit en les fixant ou en les inactivant, par exemple en utilisant des protéines réceptrices jouant le rôle de leurres. Là encore, ces protéines réceptrices ou inactivées pourront être générées m situ par expression des séquences d'ADN correspondantes
Il est également possible de prévoir la réalisation d 'anticorps monoclonaux correspondant à ces protéines afin d 'envisager le blocage desdites protéines lorsque cela est souhaité, l 'ensemble de ces opérations pouvant être réalisé directement in vivo par exemple, en utilisant des techniques de thérapie génique, en particulier en utilisant des vecteurs qui porteront les séquences d'expression des gènes.
On a mis en évidence le fait que les protéines présentant des domaines polyglutam es anormalement étend us av aient des propriétés d'aggrégation anormales, tant entre elles, qu'avec d'autres protéines (7, 8 ) Les aggrégats ainsi créés sont probablement impliques dans la genèse des maladies à triplet répète, c'est pourquoi il est également possible de prévoir une thérapie dans laquelle les agents thérapeutiques viendraient empêcher l'aggrégation, soit en bloquant la molécule comme décrit précédemment, soit en se fixant à la molécule pour empêcher le rapprochement avec d'autres protéines.
On peut, dans le cadre de la thérapie, prévoir d'utiliser des variants complets ou délétés de ces protéines, normales ou non (quant au domaine [CAGjn).
Les séquences selon la présente invention peuvent être obtenues grâce aux informations figurant au tableau et aux références qui y sont données et en utilisant les séquences d'amorce qui sont décrues dans les identificateurs de séquence ci-joints.
Les deux librairies utilisées sont : une première librairie (5 ) contenant 60 000 ADNc non normalisés de cerveau foetal humain (clones FB) (Laboratoire du Dr. Hans Lehrach, Max Plank Institute for Molecular Genetics, Berlin, Allemagne) sous- clones dans le vecteur p-SPORT- 1 (Life Technologies, Inc., Gaithesburg,
MA, USA), et la seconde librairie contient 40 128 ADNc normalisés de cerveau de nouveau-né (clones NIB) sous-clonés dans un vecteur laf id (6) et qui est une partie des ressources du consortium I MAGE ( Lawrence Livermore Lab., Livermore, CA, ) et du programme EST Merck WU
(Washington University, St-Louis, LO, USA) .
D'autre part, un certain nombre d'autres informations ont été recueillies en utilisant Genbank Database (NCBl Bethesda, MA, USA).
Les méthodes de sélection et d'analyse qui ont été mises en oeu\ re ne font pas en elles-mêmes partie de la présente invention puisque l'invention a essentiellement pour objet les séquences ainsi obtenues et leur utilisation, notamment, dans des méthodes de diagnostic ou des méthodes de traitement thérapeutique.
Dans la présente analyse, on a retenu, non seulemen t les séquences polymorphiques [CAGjn parfaites, mais également les séquences
[CAGjn complexes, c'est-à-dire celles qui sont ponctuées par des insertions de triplets ; en effet cette présence de triplets insérés s'observe notamment dans le cas de SCA 1 , alors que tel n'est pas le cas pour SBMA, MD et I ID.
L'étude présen te a montré que le polymorph isme [CAG j n apparaît lorsque la séquence (CAGjn contient plus de 9 copies CAG ( n > 9) ; c'est pourquoi, dans les sélections effectuées, les conditions de stringencc sont assez élevées, ce qui a permis de sélectionner rapidement un grand nombre de séquences [CAGj n dans lesquelles n est supérieur à 9. D'ailleurs, les séquences [CAGjn dans lesquelles n est inférieur à 10 et qui ont pu être testées dans le cad re de la présente inven tion on t montré u n polymorphisme nul.
Par contre, il n'est pas possible de relever u ne corrélation directe entre la longueur des séquences [CAGj n et le degré de polymorphisme.
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7
D'autre part, les nouveaux clones sélectionnes a partir de librairies NIB sont distincts de ceux sélectionnés dans le groupe FB Ceci est en accord avec le fait que le cerveau humain exprime un grand nombre de gènes distincts à des stades de développement différents Enfin, des présentes observations il ressort que des séquences
[CAGjn supérieures à 9 sont rares ( 1 pour 2 200 ) 1 pour 3 000) dans les ADNc humains représentatifs des régions 3' des ARNm.
Bien que dans l'état actuel de la présente invention , les séquences qui constituent l'objet de l'invention n'aient pas été reliées directement à des affections neurologiques héréditaires, la présence d'extensions anormales CAG peut être reliée avec le risque de survenue d'une maladie neurologique, en particulier lorsqu 'il y a une composante, familiale.
Sauf pour le clone 2.1 16 qui est localisé sur le chromosome 3pl4 et peut-être impliqué dans ADCA II, les autres séquences hautement polymorphiques [CAGjn décrues précédemment ne correspondent à aucun locus connu pour des maladies neurologiques héréditaires. Il a été trouvé que ce clone 2.1 16 correspondait à un transcrit de 2 227 paires de base hautement exprimé dans les muscles squelettiques et faiblement exprimé dans le cerveau d'après l'analyse Northern Blot. La répétition des séquences CAG polymorphiques est localisée au niveau de la région 3 ' non traduite de l'ARNm. L'ARN correspondant au clone 2.1 16 code pour une protéine putative de 137 acides aminés (nt 127 à 538) ne présentant aucu ne homologie avec des protéines connues dans Genbank La séquence complète du transcrit du clone 2. 1 16 est représentée par SEQ D 19.
Néanmoins, il existe un assez grand nombre de maladies neurologiques qui actuellement n'ont pas été localisées et trouveront probablement à être reliées avec les séquences selon la présente invention Parmi les éléments additionnels qui ont été pris en compte pour étudier la pertinence des séquences retenues figure l'existence éventuelle d'un cadre de lecture ouvert (ORF) dans lequel les séquences [CAGjn codent pour une extension polyglutamine.
Enfin, la présente étude suggère que la fréquence d u polymorphisme [CAGjn est un événement rare dans les ADNc humains représentatifs des régions 3' des ARNm.
TABLEAU
ICAGln polymoφhiques : caractéristiques
Clone : Nom du clone d'ADNc (nom CEPH) - Mode de sélection - Répétition 5"-3'
EST : Homologies de séquence avec les EST dans Genbank : nu méro d'accès des ESTs dans Genbank
YAC(s) posltifis) : (Noms du CEPH) pour la séquence testée
STS+/STS- : YAC posi if /négatif pour d'au tres STS(s) Alu target : YAC non utilisé comme sonde Alu Alu probe : YAC utilisé comme sonde Alu
Localisation : Localisation de la séquence testée dans les chromosomes humains (déduction d'après les YACs positifs)
LISTE DE SEQUENCES
( 1 ) INFORMATIONS GENERALES (i) DEPOSANT : (A) NOM : FONDATION JEAN DAUSSET - CENTRE D'ETUDE DU
POLYMORPHISME HUMAIN (CEPH).
(B) RUE : 27 Rue Juliette Dodu
(C) VILLE : PARIS
(D) PAYS : FRANCE (E) CODE POSTAL : 75010
(ii) TITRE DE L'INVENTION : DIAGNOSTIC DES MALADIES A REPETITION
TRINUCLEOTIDIQUE ET GENES IMPLIQUES DANS CES MALADIES
(iii) NOMBRE DE SEQUENCES : 18
(iv) FORME DECHIFFRABLE PAR ORDINATEUR :
(A) TYPE DE SUPPORT : Floppy disk (B) ORDINATEUR : MACINTOSH APPLE
(C) SYSTEM E D'EXPLOITATION : MAC-OS SYSTEME 7
( D) LOGICIEL : WORDPERFECT
(v) DONNEES DE LA DEMANDE ACTUELLE : NUMERO DE LA DEMANDE :
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 1 :
. (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 15 nucléotides
(B) TYPE : nucléotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.1 16 (C) ORIGINE : Max Plank Institute for Molecular Genctics
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE :ICRFp507E07266
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
CCAGCCTCAG GTAGC 15
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 2 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 22 nucléotides
(B) TYPE : nucléotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
( i ii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE : (A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.1 16
(C) ORIGINE : Max Plank Institute for Molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE :ICRFp507E07266
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GTACTGAGGG CTTTTTAGAT TC 22
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 3 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 18 nucléotides
(B) TYPE : nucléotidc
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIG URATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLU LAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.1 19 (C) ORIGINE : Max Plank Institute for Molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE :ICRFp507J 10268
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
TCATGCAGCA GAAAACAG 18
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 4 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 18 nucléotides
(B) TYPE : nucléotidc
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT :
(C) ORIGINE : Max Plank Institute for Moleculai Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE .!CRFp507J 10268
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
AAAGGGGAGA CCAATTTG 18
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 5 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : nucléotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.70 (C) ORIGINE : Max Plank Institute for Molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE DORIGINE.CRFp507K242 1 2
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GCACAGTCCT CACTAAAC 18
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 6 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR 19 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN simple (D) CONFIGURATION : linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE ADNc
(m) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE •
(A) TYPE DE CELLULE . bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT 2 70
(C) ORIGINE Max Plank Institute for Molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORlGiNLICRFp507K242 l 2
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE
GGACATTGGC TTCAACTTC 19
(2 ) INFORMAT IONS TOUR LA SEQID NO 7
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE (A) LONGUEUR 16 nucléotides (B) TYPE nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN . simple
(D) CONFIGURATION • linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE . ADNc
(ni) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE
(A) TYPE DE CELLULE bactérie ( B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSAN1 2 1 (C) ORIGINE Max Plank Institute for Molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE . ICREp50710522
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUFNCE •
CAGGTGCAGC GTCAAA 16
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 8 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR : 16 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide (C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(m) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA
MOLECULE
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.81
(C) ORIGINE : Max Plank Institute for Molecular Genetics, Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE :!CRFp507!05222
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GGAGGAGGTG TCACAG 16
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 9 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE. (A) LONGUEUR : 19 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : i.S
(C) ORIGINE : Réseau I.M.A.G.E., Lawrence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA.
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : 30262
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GATAAAAGGA AGGGAAAAG 19
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 10:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 17 nucléotides
( B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE : (A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : i.8
(C) ORIGINE : Réseau I.M.A.G.E., Lawrence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA.
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : 30262
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GCAACACTCA GAAATGG 17
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 1 1 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 19 nucléotides
(B) TYPE : nucléotidc
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAI RE PORTEU R DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : i. 180 (C) ORIGINE : Réseau I.M.A.G.E., Lawrence Livermore National
Laboratories, Ljvermore, CA, USA. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : 153781 ou 162267
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
AAGTCAGAGT TACTCTTGC 19
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 1 2 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 17 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple (D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(ni) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT i 180 (C) ORIGINE : Reseau I M A.G.E , I-aw rence Livermor e National
Laboratories, Livermore, CA, USA. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE 153781 ou 162267
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GAGTGAAGTT CAGGAGG 17
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 13 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR : 19 nucléotides
(B) TYPE . nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple (D) CONFIGURATION : linéaire
(u) TYPE DE MOLECULE ADNc
( m) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAI RE PORTEU R DE L\ MOLECULE .
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT . 1.181
(C) ORIGINE : Réseau I. M. A.G.E., Lawrence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE 1 14128
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE
GGACAAAGCT ACATGTCAG 19
19
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 14 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE (A) LONGUEUR : 16 nucléotides (B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(ni) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 1.181 (C) ORIGINE : Réseau LM.A.G.E , Lawrence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE . 1 14128
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GGTGAGTGTC CTTCTG 16
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQID NO 15 .
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR : 15 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE : (A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : i 182
(C) ORIGINE : Réseau LM.A.G.E., Lau rence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA.
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : 67444
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
GGGCTAAGGG GAAAG 15
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 16 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 15 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple (D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEU R DE LA MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 1.182
(C) ORIGINE : Réseau LM.A.G. E., Lawrence Livermore National
Laboratories, Livermore, CA, USA. (D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : 67444
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
CTTGGTGGGC AAGTG 15
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 17 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 18 nucléotides (B) TYPE : nucleotide
(C) NOMBRE DE BRIN : simple
(D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
(iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIRE PORTEUR DE LA MOLECULE : (A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.46
(C) ORIGINE : Max Plank Institute for molecular Genetics,
Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne.
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE :ICRFp507E06174
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
TTTTTACTCG CGGCGGTG 18
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO 1 8 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR : 25 nucléotides
(B) TYPE : nucleotide (C) NOMBRE DE BRIN : simple
( D) CONFIGURATION : linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE : ADNc
( iii ) CARACTERISTIQUES DU CLONE CELLULAIR E PORTEU R DE LA
MOLECULE :
(A) TYPE DE CELLULE : bactérie
(B) NOM DU CLONE D'ADNc CHEZ LE DEPOSANT : 2.46
(C) ORIGINE : Max Plank Institute for molecular Genetics, Laboratory of Dr Hans Lehrach, Berlin, Allemagne.
(D) NOM DU CLONE DANS LA BANQUE D'ORIGINE : lCRfρ507E06 l 74
(iv) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE :
CAGGATAATC AAGAATGAAG TTAAG 25
~)1
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 19
i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR: 2227 nucléotides
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS, simple
(D) CONFIGURATION- linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE. ADNc
(îx) CARACTERISTIQUE
(A) NOM/CLE: 2.116
(B) EMPLACEMENTxhromosome 3pl4
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO.19 gccggaagtggggtg gaagccccggtgctggtgcggcgggggactgcggggccagccec aggtagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcag cagcagcaatgt tcacttct cagaaagcctccggaaεctaaaaagccctcagcaccag agacagaagcagaεgga ccgεcc εεεaggagaεacaacagatgagcaaagaa gacag caagaggcaaaac cggacatagaggccaaccaacctεεggagaccaacaaagaaaaεε catccagtgtgac g a cagaccctgagacggaaaataaggcaggccagactccggaga acagcεcaεcaa ggccgagcεcctgaacga gεgccgε cacccεggccccgcaεg gc εggcagcacagggcacca cacεgacc cccgaccac εacεcccc a gatggcagcg aaaaccεatcacggεttεggεatgattccaccc εgaaaaεεcagεgc cεgεga tcaε aaccεεεaεg cεgtεεgcaccεεaacagcεεεaaaaεaεgcεcgccεa ε a cεaac ctgεεεgaεgcεctcεgccg εεcacεgεtεaaggtccεcagcaaggaεcacaaagcaaa gaaaa agcatεa g εcactacεcεa ttεaagaaaaaggεaca gεa acaaaεε gaactcaag tccac cccttcccccaεacaa aaata acaaac aggc atgaaggc t aggaaaggac cga ccεεcagaεggtc c caaaata aacaccεcaaaε acc εtagaagaacεgεgaaaaagaaεεgεggcaεεεεεcagεcacεacagcεccgaagεcεga gcaagaagεgggεgtgaagtc ccεc cεggε εgεaggaagεεgaaε agεgεεa cc εgcaεεεtt cεεccacagtgε aεgaatgaaεεcagaaaaaaag gccagtcagcε taatttc tcagaεgcat gaεgεggaatεεaaaacεcgεcc aaacagca gc ag tgcεgatacaaggatgcεagacctgctctgcgεgctc εεctggagεggcccaεεεcggε εctcεgaaacccacggcagccctttccaεcgεgaataaεcgt gεgεεcccaccεεεgtc ccctgccεtεtεgctactεcagεgcgcεctcεgaccagcε ccaaagaacεεtcccεgc t ctgcctcggttgccac gcεcεcct accacaεacgεεcccagεεεaεgaagaga c cacatt cctεεcaacccc ctgccεccCgaagaaaaacatcεcatgatga aca a a ttgcεgaεaacaccct atctagaaatεcgcεggccacaatacagaεggaaaεg c ac εgcεggaaaaacεgaaa caacccat ccaaεεagag aεaggcagaacacc agaεa gact εtagεtcεcgaaεaεccaεtaccεacεεεaaεgaaaacagaacεgccaεεggεca ataaacεgtaaagggaagaggtaaaεtgtgaεagagaaεt cεatgεcaεgggaaa εg aaaccaca aεε ga εaccagcaaεaεga εa aac c gεgccaagεεεεaag εaεatttεctcacaaagaεagagtgccatagtgaaacCaaacacεgεgcaεaaaggεaca εgaat acεccaguεt aaagεa atgcat g aa aaatgεggcaεgg a aεacaaacgcεacgεcact aaaagεcagaggaacaεtεcεaεεgacaaaaaεacgcεεc acεcacaεataaεgtcaccaεacggεgtcaatgatεaaaεtaga cεεcaca ag c acaaagcaεcagεctaggaaa atgacεta εactgaεgcaaatg gaacaεε gεagε agttttgεaaaagaacatcctttεcaaatatccacgtcaacgtacccccgaaattaaacj caagcacaεagεcagεεεgεctaaεtεtgεgεgaaaεεεεgεcgaaaaεaccεaaacaε;- ccatcεaεatεεgεgccεaccaεgεεεataaatgεtccaεaagεaccεεccaεgεεgtεc taεaaaaaaεg ataεεtaaaεaaatgtgaaεεaaaaεaaaaεεεεεgaεεaεεεεccg atccccg
REFERENCES
1. Whilhem, P.J. Dynamic mutations hit double figures. Nature Genêt. 8, 213-215 (1994).
2. Trottier, Y. et al. Cellular localization of the Huniington's disease protein and discrimination oî the normal and mutant form. Nature Genêt. 10, 104-110 ( 1995).
3. Servadio, A. et al. Expression analysis of the ataxin- 1 protein in tissues from normal and spinocerebellar ataxia type 1 individuals.
Narure Gêner. 10, 94-98 ( 1995).
4. Yazawa, I. et al. Abnormal gène product identified in hereditary dentato-rubralpallidoluysian atrophy (DRPLA) brain. Nature Genêt. 10, 99-103 (1995). 5. Meier-Ewert, S., Maier, E, Ahmadi, A., Curtis, J. and Lebrach, H. An
Automated approach to generating e pressed séquence catalogues. Nature 361, 375 (1993).
6. Soares, M.B., Bonaldo, M.F., Jelene, P., Su, L, Lawton, L & Efstratiadis, A. Construction and characterization of a normalized cDNA library. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 , 9228-9232 ( 1994).
7. Haad, D., Perry, M.J. and Haynes, L. Cellular transglutaminases in neural development. Int. J. Devl Neuroscience 1 1 , 709-720 ( 1993).
8. Stott, K., Blackburn, J.M., Butler, P.J.G. & Perutz, M. Incorporation of glutamine repcats makes protein oligomerize. Implications for neuro- degenerative diseases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92, 6509-6513 ( 1995).
Claims
REVENDICATIONS
1 ) Séquence d'ADN transcrit riche en triplet répété CAG ou CTG correspondant aux séquences A à I selon le tableau ainsi que l urs alleles normaux et mutés et les séquences complémentaires.
2) Gène humain et ses alleles, caractérisé en ce qu'il porte au moins en partie une séquence selon la revendication 1.
3) Procédé de mise en évidence des risques d'apparition d'une maladie à répétition trinucléotidique chez un patient, caractérisé en ce qu'on compare la séquence d'ADN selon la revendication 1 dudit patient à une séquence normale pour détecter la présence de répétitions trinucléotidiques supplémentaires.
4) Procédé selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'on effectue une amplification de tout ou partie des séquences selon la revendication 1 et que l'on met en évidence dans le produit d'amplification la présence de répétitions trinucléotidiques supplémentaires.
5) Procédé selon la revendication 4, caractérisé en ce que l'amplification des séquences est effectuée avec les amorces décrites SEQ ID 1 à 18 correspondant aux séquences A à I respectivement. 6) Cellule transformée exprimant tout ou partie d'un gène selon la revendication 2.
7) Protéine obtenue à partir d'une cellule transformée selon la revendication 6.
8) Protéine interagissant avec une protéi ne selon la revendication 7.
9) Anticorps monoclonal correspondant à une protéine selon l'une des revendications 7 ou 8.
10) Vecteur exprimant une protéine selon l'une des revendications 7 ou 8. 1 1 ) Utilisation thérapeutique d'une protéine selon l'une des revendications 7 ou 8, d'un anticorps s n la revendication 9 ou d'un vecteur selon la revendication 10.
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP9529061A JP2000505293A (ja) | 1996-02-15 | 1997-02-17 | トリヌクレオチド反復病の診断とこの病気に関係する遺伝子 |
| EP97905219A EP0894144A2 (fr) | 1996-02-15 | 1997-02-17 | Diagnostic des maladies a repetition trinucleotidique et genes impliques dans ces maladies |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR9601864A FR2745007B1 (fr) | 1996-02-15 | 1996-02-15 | Diagnostic des maladies a repetition trinucleotidique et genes impliques dans ces maladies |
| FR96/01864 | 1996-02-15 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| WO1997030178A2 true WO1997030178A2 (fr) | 1997-08-21 |
| WO1997030178A3 WO1997030178A3 (fr) | 1997-10-16 |
Family
ID=9489220
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PCT/FR1997/000297 WO1997030178A2 (fr) | 1996-02-15 | 1997-02-17 | Diagnostic des maladies a repetition trinucleotidique et genes impliques dans ces maladies |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
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| JP (1) | JP2000505293A (fr) |
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| FR (1) | FR2745007B1 (fr) |
| WO (1) | WO1997030178A2 (fr) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1998056950A1 (fr) * | 1997-06-11 | 1998-12-17 | Fondation Jean Dausset-Ceph | Sequences d'adn riches en triplet repete utiles dans le diagnostic de maladies a repetition trinucleotidique |
| WO2003014396A1 (fr) * | 2001-08-06 | 2003-02-20 | Biomedlab Corporation | Procede de diagnostic destine a une maladie de multiplication de sequence repetee de trinucleotides, et kit de diagnostic |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1993016197A1 (fr) * | 1992-02-06 | 1993-08-19 | University Of Wales College Of Medicine | Materiaux et sequences de nucleotides et procedes pour le diagnostic de la myotonie dystrophique |
| WO1993016196A2 (fr) * | 1992-02-18 | 1993-08-19 | The University Of Ottawa | Dystrophie myotonique |
| WO1995001437A2 (fr) * | 1993-06-29 | 1995-01-12 | Regents Of The University Of Minnesota | Sequence de genes de l'ataxie spino-cerebelleuse du type 1 et procede de diagnostic |
-
1996
- 1996-02-15 FR FR9601864A patent/FR2745007B1/fr not_active Expired - Fee Related
-
1997
- 1997-02-17 JP JP9529061A patent/JP2000505293A/ja active Pending
- 1997-02-17 WO PCT/FR1997/000297 patent/WO1997030178A2/fr not_active Application Discontinuation
- 1997-02-17 CA CA002246362A patent/CA2246362A1/fr not_active Abandoned
- 1997-02-17 EP EP97905219A patent/EP0894144A2/fr not_active Withdrawn
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1993016197A1 (fr) * | 1992-02-06 | 1993-08-19 | University Of Wales College Of Medicine | Materiaux et sequences de nucleotides et procedes pour le diagnostic de la myotonie dystrophique |
| WO1993016196A2 (fr) * | 1992-02-18 | 1993-08-19 | The University Of Ottawa | Dystrophie myotonique |
| WO1995001437A2 (fr) * | 1993-06-29 | 1995-01-12 | Regents Of The University Of Minnesota | Sequence de genes de l'ataxie spino-cerebelleuse du type 1 et procede de diagnostic |
Non-Patent Citations (9)
| Title |
|---|
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank Ac. No.: Emest3:Hs39047, 01 Avril 19 95, L. Hillier et al. XP002018237 * |
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank Ac. Nr.: Emest2:Hs24911, 24 Mai 1995 , L. Hillier et al. XP002018236 * |
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank Ac. Nr.: Emest5:Hst49359, 3 Mars 199 5, L. Hillier et al., XP002018238 * |
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank, Ac. Nr.: Emest3:Hs517168, 7 Juillet 1995, L. Hillier et al., XP002018239 * |
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank, Ac. Nr.: Emest3:Hs58086, 22 Avril 19 95, L. Hillier et al., XP002018240 * |
| EMBL Nucleotide Sequence Data Bank, Ac. Nr.: Emsts:Hs543187, 17 Aout 199 5, J. Murray et al., XP002018241 * |
| GENOMICS, vol. 16, no. 3, Juin 1993, US, pages 572-579, XP000196589 S.H. LI ET AL.: "Novel triplet repeat containing genes in human brain: cloning, expression, and length polymorphisms" * |
| HUMAN MOLECULAR GENETICS, vol. 5, no. 7, Juillet 1996, OXFORD GB, pages 1001-1009, XP000763216 C. NERI ET AL.: "Survey of CAG/CTG repeats in human cDNAs representing new genes: candidates for inherited neurological diseases" * |
| NATURE GENETICS, vol. 2, no. 3, Novembre 1992, OXFORD GB, pages 186-191, XP000196593 G.J. RIGGINS ET AL.: "Human genes containing polymorphic trinucleotide repeats" * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1998056950A1 (fr) * | 1997-06-11 | 1998-12-17 | Fondation Jean Dausset-Ceph | Sequences d'adn riches en triplet repete utiles dans le diagnostic de maladies a repetition trinucleotidique |
| WO2003014396A1 (fr) * | 2001-08-06 | 2003-02-20 | Biomedlab Corporation | Procede de diagnostic destine a une maladie de multiplication de sequence repetee de trinucleotides, et kit de diagnostic |
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