Este paquete está orientado a la graficación de la frecuencia de nucleótidos en una secuencia de DNA en un archivo FASTA. Contiene dos scripts: calc_frec_nt_global.py, calcula la frecuencia de los cuatro nucleótidos de todas las secuencias en un archivo FASTA, y después las grafica en una gráfica de pastel; y calc_frec_nt_intervalo.py que toma una, varias, o todas las secuencias de un archivo FASTA y por secuencia calcula la frecuencia de los cuatro nucleótidos en intervalos de ocho nucleótidos, después grafica estas frecuencias.
Usted puede usar el script calc_frec_nt_global.py de la siguiente manera: python calc_frec_nt_global.py python -m proyecto_final.scripts.calc_frec_nt_global proyecto_final/utils/archivo.fasta
Usted puede usar el script calc_frec_nt_intervalo.py de la siguiente manera: python calc_frec_nt_intervalo.py [-i <índice(s)>] python calc_frec_nt_intervalo.py [--indices <índice(s)>] python -m proyecto_final.scripts.calc_frec_nt_intervalo proyecto_final/utils/archivo.fasta
Donde 'filename' es el nombre del archivo FASTA que contiene la secuencia de DNA.
El script calc_frec_nt_global.py graficará una gráfica de pastel de la frecuancia de los cuatro nucleótidos calc_frec_nt_intervalo.py graficará la frecuencia de los cuatro nucleótidos en intervalos de ocho nucleótidos.
Si el archivo no está en formato FASTA, el script generará un mensaje de error. Si el usuario ingresa un carácter inválido para el argumento nucleótidos, se imprime un mensaje de error.
El script incluye un conjunto de pruebas unitarias en el directorio tests. Puede ejecutar estas pruebas con: python .\tests\test_operations\test_frec_nt_global.py python .\tests\test_operations\test_frec_nt_intervalo.py python .\tests\test_operations\test_graf_glob.py python .\tests\test_operations\test_graf_int.py
El script está diseñado para operar en un archivo FASTA, con un identificador por secuencia de nucleótidos. No hay restricciones en el número de letras en el archivo.
Este README ofrece información de uso básico.
El código fuente está disponible en este repositorio. Se acoge con satisfacción cualquier contribución o sugerencia a través de solicitudes pull request.
Este script está disponible bajo la licencia [MIT License]. Consulte el archivo LICENSE para obtener más detalles.
Si utiliza este script en su trabajo, por favor cite: [https://github.com/sorozcob/proyecto_final].
Si tiene problemas o preguntas, por favor abra un problema en este repositorio o póngase en contacto con nosotros en: [ximenagp@lcg.unam.mx] o [santiago@lcg.unam.mx].