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WO2003019140A3 - Procede d'appariement de similarites de sous-formes moleculaires - Google Patents

Procede d'appariement de similarites de sous-formes moleculaires Download PDF

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WO2003019140A3
WO2003019140A3 PCT/US2002/026844 US0226844W WO03019140A3 WO 2003019140 A3 WO2003019140 A3 WO 2003019140A3 US 0226844 W US0226844 W US 0226844W WO 03019140 A3 WO03019140 A3 WO 03019140A3
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Abstract

L'invention concerne une base de données de formes moléculaires tridimensionnelles dans laquelle on peut effectuer une recherche efficace de similarités avec une sous-forme moléculaire objet d'une demande. Un appariement triangulaire est, dans un premier temps, effectué entre un triangle de la sous-forme objet de la demande représentant une répartition volumique locale dans la molécule objet de la demande et un triangle de sous-forme cible représentant une répartition volumique locale dans une molécule cible de la base de données. En fonction du chevauchement de la molécule cible et de la molécule objet de la demande, tel que déterminé par l'alignement des triangles des sous-formes appariés, un appariement des formes de la molécule objet de la demande et de la molécule cible alignées est ensuite effectué. Une comparaison d'une direction attribuée à chaque sommet des triangles des sous-formes appariés par rapport à un axe principal d'un volume local échantillonné permet de ne pas prendre en considération des paires de triangles de sous-formes non appropriées, avant l'étape d'appariement des formes nécessitant des ressources de calcul importantes.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN102799779B (zh) 2012-07-16 2015-04-22 中山大学 一种药物分子形状的比较方法
WO2014089359A1 (fr) * 2012-12-05 2014-06-12 Hudson Robotics, Inc. Système pour la découverte efficace de nouveaux médicaments thérapeutiques
US10515715B1 (en) 2019-06-25 2019-12-24 Colgate-Palmolive Company Systems and methods for evaluating compositions
CN115116553B (zh) * 2021-03-19 2024-12-13 本源量子计算科技（合肥）股份有限公司 分子的参数配置方法、装置、介质及电子装置
WO2023123023A1 (fr) * 2021-12-29 2023-07-06 深圳晶泰科技有限公司 Procédé et dispositif de criblage de molécules et leur application

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BITTAR ET AL.: "Automatic reconstruction of unstructured 3D data: combining a medial axis and implicit surfaces", COMPUTER GRAPHICS FORUM, vol. 14, no. 3, pages 457 - 468, XP002972808 *
FERMIN ET AL.: "Planar motion detected by randomized triangle matching", PATTERN RECOGNITION LETTERS, vol. 18, no. 8, August 1997 (1997-08-01), pages 741 - 749, XP004103472 *
LEMMEN ET AL.: "FLEXS: a method for fast flexible ligand superposition", J. MEDICINAL CHEMISTRY, vol. 41, 1998, pages 4502 - 4520, XP002241912 *

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