Viral genome alignment, mutation calling, clade assignment, quality checks and phylogenetic placement

Influenza forecasts visualizer

An experimental deep learning & genotype network-based system for predicting new influenza protein sequences.

MIRA: Portable, Interactive Application for High-Quality Influenza, SARS-CoV-2 and RSV Genome Assembly, Annotation, and Curation

Im Datensatz "Abwassersurveillance AMELAG" des Robert Koch-Instituts und Umweltbundesamts werden Daten aus der Überwachung von Infektionserregern im Abwasser bereitgestellt. Die Daten zur SARS-CoV-2-Viruslast werden seit Februar 2022 in einem bundesweiten Netzwerk von Kläranlagen, Laboren und Behörden erhoben. Seitdem wurden die Daten um die Vir...

The Moving Epidemic Method R Package

🛡Crowd-sourced COVID-19 reporting and assessment system.

A R statistical software package for estimating attributable influenza morbidity & mortality

Im Datensatz "GrippeWeb - Daten des Wochenberichts" des Robert Koch-Instituts werden wöchentliche, bevölkerungsbasierte Schätzungen zur Inzidenz akuter respiratorischer Erkrankungen (ARE) und grippeähnlicher Erkrankungen (ILI) in Deutschland bereitgestellt. GrippeWeb als Online-Portal zur partizipativen syndromischen Surveillance nutzt Selbstaus...

vSNP -- validate SNPs

Import script needed to build FluPRINT database from source 💻

🌏Record the last days of this earth. Don't they know this's the end of the world. It ended when you say good-bye.

The Flexible Epidemic Modeling Pipeline

Gene and Primer Sequence Analysis for SARS-CoV-2, EGFR(Non Small Lung Cancer Cell), Influenza DNAs ### How can I check my Oligo primers to ensure there are no significant primer design issues? - The difference between melting temperatures (Tm) of the primers should be less than 5°C. - The GC content should be between 35-80% or equivalent to the …

Integrating genotypes and phenotypes improves long-term forecasts of seasonal influenza A/H3N2 evolution

Flu clade and mutation frequencies

本项目开发了一个基于机器学习的禽流感病毒(H5N1)预测系统，旨在通过分析历史数据和实时社交媒体信息，对禽流感疫情进行预测和风险评估。该系统采用决策树算法结合 SMOTE 过采样技术，实现了对不平衡数据的有效处理和高精度预测。

The Moving Epidemic Method Shiny Web Application

Estimating the generation time for influenza transmission using household data in the United States