From 2ee3334c521367c64afa6bf1ef9ace0f6f6adc21 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "renovate[bot]" <29139614+renovate[bot]@users.noreply.github.com> Date: Mon, 23 Jun 2025 10:09:18 +0000 Subject: [PATCH 1/4] Update dependency textual to v3.5.0 --- requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 6f4f74a343..1e833f9fe8 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -20,7 +20,7 @@ rich>=13.3.1 rocrate repo2rocrate tabulate -textual==3.4.0 +textual==3.5.0 trogon pdiff ruamel.yaml From 59d7aa211568035411f18d4832778b773d7a5756 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: nf-core-bot Date: Mon, 23 Jun 2025 10:10:03 +0000 Subject: [PATCH 2/4] [automated] Update CHANGELOG.md --- CHANGELOG.md | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 4e305850c4..2b016b0c93 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -29,6 +29,7 @@ - Pin python Docker tag to f2fdaec ([#3623](https://github.com/nf-core/tools/pull/3623)) - Update pre-commit hook astral-sh/ruff-pre-commit to v0.12.0 ([#3627](https://github.com/nf-core/tools/pull/3627)) - Update zentered/bluesky-post-action action to v0.3.0 ([#3626](https://github.com/nf-core/tools/pull/3626)) +- Update dependency textual to v3.5.0 ([#3636](https://github.com/nf-core/tools/pull/3636)) ## [v3.3.1 - Tungsten Tamarin Patch](https://github.com/nf-core/tools/releases/tag/3.3.1) - [2025-06-02] From 15da8f5fa482ac73f0e1d2f26c39ec5d664297fe Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: nf-core-bot Date: Mon, 23 Jun 2025 10:16:57 +0000 Subject: [PATCH 3/4] [automated] Update Textual snapshots --- .../test_basic_details_custom.svg | 2 +- .../test_basic_details_nfcore.svg | 2 +- .../test_create_app/test_choose_type.svg | 4 +- .../test_customisation_help.svg | 2 +- .../test_create_app/test_final_details.svg | 2 +- .../test_create_app/test_github_details.svg | 275 ------------------ .../test_github_exit_message.svg | 270 ----------------- .../test_create_app/test_github_question.svg | 220 +------------- .../test_create_app/test_type_custom.svg | 2 +- .../test_create_app/test_type_nfcore.svg | 2 +- .../test_type_nfcore_validation.svg | 2 +- .../test_create_app/test_welcome.svg | 4 +- 12 files changed, 18 insertions(+), 769 deletions(-) delete mode 100644 tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg delete mode 100644 tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg index 6bf117f2fe..3d74d0761e 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_custom.svg @@ -212,7 +212,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg index 5ee60acb3a..8ccef7d421 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_basic_details_nfcore.svg @@ -216,7 +216,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_choose_type.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_choose_type.svg index 10e11df47c..8c7c257684 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_choose_type.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_choose_type.svg @@ -38,7 +38,7 @@ .terminal-r4 { fill: #0178d4;font-weight: bold } .terminal-r5 { fill: #0178d4;text-decoration: underline; } .terminal-r6 { fill: #0178d4;font-style: italic;;text-decoration: underline; } -.terminal-r7 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } +.terminal-r7 { fill: #e1e1e1;font-weight: bold } .terminal-r8 { fill: #e0e0e0;font-style: italic; } .terminal-r9 { fill: #7ae998 } .terminal-r10 { fill: #6db2ff } @@ -212,7 +212,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg index 639862a164..5188880b1e 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_customisation_help.svg @@ -218,7 +218,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg index b6fbac5fe0..3e0fe54057 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_final_details.svg @@ -210,7 +210,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg deleted file mode 100644 index 68b4254fd5..0000000000 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg +++ /dev/null @@ -1,275 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - nf-core pipelines create - - - - - - - - - - nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline - - -Create GitHub repository - -Now that we have created a new pipeline locally, we can create a new GitHub repository and push -the code to it. - - - - -Your GitHub usernameYour GitHub personal access token▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -for login. Show  -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ -GitHub username••••••••••••                   -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - -The name of the organisation where theThe name of the new GitHub repository -GitHub repo will be created -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -nf-core                               mypipeline                             -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - -⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. -Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user -account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development -has started. - -💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. - - -▔▔▔▔▔▔▔▔Private -Select to make the new GitHub repo private. -▁▁▁▁▁▁▁▁ -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - -^p palette - - - diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg deleted file mode 100644 index 30f22fd056..0000000000 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg +++ /dev/null @@ -1,270 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - nf-core pipelines create - - - - - - - - - - nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline - - -HowTo create a GitHub repository - - - -                                          ,--./,-. -          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\  -    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  { -    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-, -                                          `._,._,' - -If you would like to create the GitHub repository later, you can do it manually by following -these steps: - - 1. Create a new GitHub repository - 2. Add the remote to your local repository: - - -cd <pipeline_directory> -git remote add origin git@github.com:<username>/<repo_name>.git - - - 3. Push the code to the remote: - - -git push --all origin - - -💡 Note the --all flag: this is needed to push all branches to the remote. - - - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Close  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all ^p palette - - - diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg index b44665d026..3804c6b773 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg @@ -1,4 +1,4 @@ - + - + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + - nf-core pipelines create + nf-core pipelines create @@ -207,58 +50,9 @@ - + - nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline - - -Create GitHub repository - - -After creating the pipeline template locally, we can create a GitHub repository and push the -code to it. - -Do you want to create a GitHub repository? - - -▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - Create GitHub repo  Finish without creating a repo  -▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all ^p palette + diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg index abb9c4dd72..08117c8ec4 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_custom.svg @@ -217,7 +217,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore.svg index 7cb92ef13e..d7ee64e0cb 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore.svg @@ -214,7 +214,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg index 3715abfd80..4d3a837545 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_type_nfcore_validation.svg @@ -214,7 +214,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg index 7a68a7e8d3..875d7139cd 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_welcome.svg @@ -40,7 +40,7 @@ .terminal-r6 { fill: #ffff00 } .terminal-r7 { fill: #0178d4;font-weight: bold } .terminal-r8 { fill: #e1e1e1;text-decoration: underline; } -.terminal-r9 { fill: #18954b } +.terminal-r9 { fill: #0f4b79 } .terminal-r10 { fill: #e2e2e2;text-decoration: underline; } .terminal-r11 { fill: #e0e0e0;font-weight: bold;font-style: italic; } .terminal-r12 { fill: #7ae998 } @@ -211,7 +211,7 @@ - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline From 58ce60cc52391faf83115539e61c5a27a332c02c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mashehu Date: Mon, 23 Jun 2025 13:15:54 +0200 Subject: [PATCH 4/4] try manual creation --- .../test_create_app/test_github_details.svg | 275 ++++++++++++++++++ .../test_github_exit_message.svg | 270 +++++++++++++++++ .../test_create_app/test_github_question.svg | 220 +++++++++++++- 3 files changed, 758 insertions(+), 7 deletions(-) create mode 100644 tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg create mode 100644 tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg new file mode 100644 index 0000000000..6c83c1497b --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_details.svg @@ -0,0 +1,275 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core pipelines create + + + + + + + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline + + +Create GitHub repository + +Now that we have created a new pipeline locally, we can create a new GitHub repository and push +the code to it. + + + + +Your GitHub usernameYour GitHub personal access token▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +for login. Show  +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ +GitHub username••••••••••••                   +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + +The name of the organisation where theThe name of the new GitHub repository +GitHub repo will be created +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +nf-core                               mypipeline                             +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + +⚠️ You can't create a repository directly in the nf-core organisation. +Please create the pipeline repo to an organisation where you have access or use your user +account. A core-team member will be able to transfer the repo to nf-core once the development +has started. + +💡 Your GitHub user account will be used by default if nf-core is given as the org name. + + +▔▔▔▔▔▔▔▔Private +Select to make the new GitHub repo private. +▁▁▁▁▁▁▁▁ +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Back  Create GitHub repo  Finish without creating a repo  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + +^p palette + + + diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg new file mode 100644 index 0000000000..f28631fc53 --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_exit_message.svg @@ -0,0 +1,270 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core pipelines create + + + + + + + + + + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline + + +HowTo create a GitHub repository + + + +                                          ,--./,-. +          ___     __   __   __   ___     /,-._.--~\  +    |\ | |__  __ /  ` /  \ |__) |__         }  { +    | \| |       \__, \__/ |  \ |___     \`-._,-`-, +                                          `._,._,' + +If you would like to create the GitHub repository later, you can do it manually by following +these steps: + + 1. Create a new GitHub repository + 2. Add the remote to your local repository: + + +cd <pipeline_directory> +git remote add origin git@github.com:<username>/<repo_name>.git + + + 3. Push the code to the remote: + + +git push --all origin + + +💡 Note the --all flag: this is needed to push all branches to the remote. + + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Close  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all ^p palette + + + diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg index 3804c6b773..77494c0bfe 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app/test_github_question.svg @@ -1,4 +1,4 @@ - + - + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - nf-core pipelines create + nf-core pipelines create @@ -50,9 +207,58 @@ - + - + nf-core pipelines create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline + + +Create GitHub repository + + +After creating the pipeline template locally, we can create a GitHub repository and push the +code to it. + +Do you want to create a GitHub repository? + + +▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + Create GitHub repo  Finish without creating a repo  +▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + d Toggle dark mode  q Quit  a Toggle all ^p palette