nf-core · jemten · Jan 31, 2024 · Jan 29, 2024 · Jan 29, 2024 · Jan 30, 2024
diff --git a/conf/modules/annotate_genome_snvs.config b/conf/modules/annotate_genome_snvs.config
@@ -77,10 +77,10 @@ process {
 
         withName: '.*ANNOTATE_GENOME_SNVS:ENSEMBLVEP_SNV' {
             ext.prefix = { "${vcf.simpleName}_rohann_vcfanno_filter_vep" }
-            ext.args   = [
+            ext.args = { [
                 '--dir_plugins vep_cache/Plugins',
                 '--plugin LoFtool,LoFtool_scores.txt',
-                '--plugin pLI,pLI_values_107.txt',
+                '--plugin pLI,pLI_values.txt',
                 '--plugin SpliceAI,snv=spliceai_21_scores_raw_snv_-v1.3-.vcf.gz,indel=spliceai_21_scores_raw_snv_-v1.3-.vcf.gz',
                 '--distance 5000',
                 '--buffer_size 20000',
@@ -90,7 +90,7 @@ process {
                 '--hgvs --humdiv --no_progress --numbers',
                 '--merged --polyphen p --protein --offline --regulatory --sift p --symbol --tsl',
                 '--uniprot --vcf'
-            ].join(' ')
+            ].join(' ') }
         }
 
         withName: '.*ANNOTATE_GENOME_SNVS:BCFTOOLS_CONCAT' {

diff --git a/conf/modules/annotate_mobile_elements.config b/conf/modules/annotate_mobile_elements.config
@@ -40,7 +40,7 @@ process {
         ext.args   = { [
             '--dir_cache vep_cache',
             '--dir_plugins vep_cache/Plugins',
-            '--plugin pLI,pLI_values_107.txt',
+            '--plugin pLI,pLI_values.txt',
             '--appris --biotype --buffer_size 100 --canonical --cache --ccds',
             '--compress_output bgzip --distance 5000 --domains',
             '--exclude_predicted --force_overwrite --format vcf',

diff --git a/conf/modules/annotate_mt_snvs.config b/conf/modules/annotate_mt_snvs.config
@@ -18,10 +18,10 @@
 process {
     if (!params.skip_mt_annotation) {
         withName: '.*ANNOTATE_MT_SNVS:ENSEMBLVEP_MT' {
-            ext.args   = [
+            ext.args = { [
                 '--dir_plugins vep_cache/Plugins',
                 '--plugin LoFtool,LoFtool_scores.txt',
-                '--plugin pLI,pLI_values_107.txt',
+                '--plugin pLI,pLI_values.txt',
                 '--plugin SpliceAI,snv=spliceai_21_scores_raw_snv_-v1.3-.vcf.gz,indel=spliceai_21_scores_raw_snv_-v1.3-.vcf.gz',
                 '--distance 0',
                 '--buffer_size 20000',
@@ -31,7 +31,7 @@ process {
                 '--hgvs --humdiv --no_progress --numbers',
                 '--merged --polyphen p --protein --offline --regulatory --sift p --symbol --tsl --vcf',
                 '--uniprot'
-            ].join(' ')
+            ].join(' ') }
         }
 
         withName: '.*ANNOTATE_MT_SNVS:ZIP_TABIX_HMTNOTE' {

diff --git a/conf/modules/annotate_structural_variants.config b/conf/modules/annotate_structural_variants.config
@@ -43,18 +43,18 @@ process {
         }
 
         withName: '.*ANNOTATE_STRUCTURAL_VARIANTS:ENSEMBLVEP_SV' {
-            ext.args   = [
+            ext.args = { [
                 '--dir_cache vep_cache',
                 '--dir_plugins vep_cache/Plugins',
-                '--plugin pLI,pLI_values_107.txt',
+                '--plugin pLI,pLI_values.txt',
                 '--appris --biotype --buffer_size 100 --canonical --cache --ccds',
                 '--compress_output bgzip --distance 5000 --domains',
                 '--exclude_predicted --force_overwrite --format vcf',
                 '--fork 4 --hgvs --humdiv --max_sv_size 248956422 --merged',
                 '--no_progress --numbers --per_gene --polyphen p',
                 '--protein --offline --regulatory --sift p',
                 '--symbol --tsl --uniprot --vcf'
-            ].join(' ')
+            ].join(' ') }
             ext.prefix = { "${meta.id}_svdbquery_vep" }
             publishDir = [
                 path: { "${params.outdir}/annotate_sv" },